Tree Thinking

出版者:Roberts & Company Publishers

作者:David A. Baum

页数:496

出版时间:2012-6

价格:USD 75.00

装帧:Hardcover

isbn号码:9781936221165

具体描述

Baum and Smith, both professors evolutionary biology and researchers in the field of systematics, present this highly accessible introduction to phylogenetics and its importance in modern biology. Ever since Darwin, the evolutionary histories of organisms have been portrayed in the form of branching trees or “phylogenies.” However, the broad significance of the phylogenetic trees has come to be appreciated only quite recently. Phylogenetics has myriad applications in biology, from discovering the features present in ancestral organisms, to finding the sources of invasive species and infectious diseases, to identifying our closest living (and extinct) hominid relatives. Taking a conceptual approach, Tree Thinking introduces readers to the interpretation of phylogenetic trees, how these trees can be reconstructed, and how they can be used to answer biological questions. Examples and vivid metaphors are incorporated throughout, and each chapter concludes with a set of problems, valuable for both students and teachers. Tree Thinking is must-have textbook for any student seeking a solid foundation in this fundamental area of evolutionary biology.

作者简介

David A. Baum is a professor at the University of Wisconsin, where he conducts research in plant systematics, systematic theory, and plant evolutionary developmental genetics. He earned his Ph.D. in Population and Evolutionary Biology from Washington University in 1991, conducted postdoctoral research at the University of Wisconsin, and then served as Assistant and Associate Professor of Organismic and Evolutionary Biology at Harvard University. He returned to the University of Wisconsin in 2001, and is now Professor and Chair of Botany and Director of the James F. Wright Institute for the Study of Evolution. Baum’s research has earned him awards including an Alfred P. Sloan Foundation Young Investigator Award, an NSF Career Award, and a John Simon Guggenheim Foundation Fellowship. In 2006 he was elected Fellow of the American Association for the Advancement of Science for “outstanding contributions in the investigation of plant evolution and for excellence in teaching and mentoring in phylogenetics and evolutionary biology.” Baum teaches phylogenetic biology at both the introductory and advanced levels and has been offering workshops on phylogenies and tree thinking for K-12 teachers since 1999.

Stacey D. Smith is professor at the University of Nebraska-Lincoln. Her research focuses on the evolution of floral diversity and spans the fields of phylogenetics, evolutionary genetics, comparative methods and pollination ecology. Supported by a British Marshall fellowship, she earned an M.Phil in Botanical Diversity from the Universities of Reading and Birmingham in the United Kingdom in 2001. She returned to the United States to pursue a doctoral degree in Systematic Botany at the University of Wisconsin-Madison. After obtaining her Ph.D. in 2006, she conducted postdoctoral research at Duke University through a National Institutes of Health Ruth L. Kirschstein Fellowship before joining the faculty at the University of Nebraska in 2010. She teaches introductory organismal biology and phylogenetic biology for undergraduate and graduate students and sponsors outreach events to promote public understanding of plant biology and evolution.

目录信息

1. Introduction to phylogenetic trees and their importance in modern biology
2. Tree thinking and its importance in the development of evolutionary thought
3. What a phylogenetic tree represents
4. Trait evolution
5. Relatedness and biological classification
6. Gene trees and species trees
7. Phylogenetic inference with parsimony
8. Phylogenetic inference with distance, maximum likelihood and Bayesian methods
9. Statistical tests of phylogenetic hypotheses
10. Using trees to reconstruct evolutionary history
Answers to chapter quizzes
Literature cited
Glossary
Index
· · · · · · (收起)

读后感

正如题目而言，本书的目的是要大家更好地理解进化树，化解一些最常见的误解，即现存的生命都是处于进化树的枝头，现存的生命之间是没有进化的前后关系的，“人是从猴子进化而来”是一种错误的说话。因此本书着重介绍的是进化树的理解和意义，而不是其背后的算法等，很适合入门...

正如题目而言，本书的目的是要大家更好地理解进化树，化解一些最常见的误解，即现存的生命都是处于进化树的枝头，现存的生命之间是没有进化的前后关系的，“人是从猴子进化而来”是一种错误的说话。因此本书着重介绍的是进化树的理解和意义，而不是其背后的算法等，很适合入门...

正如题目而言，本书的目的是要大家更好地理解进化树，化解一些最常见的误解，即现存的生命都是处于进化树的枝头，现存的生命之间是没有进化的前后关系的，“人是从猴子进化而来”是一种错误的说话。因此本书着重介绍的是进化树的理解和意义，而不是其背后的算法等，很适合入门...

正如题目而言，本书的目的是要大家更好地理解进化树，化解一些最常见的误解，即现存的生命都是处于进化树的枝头，现存的生命之间是没有进化的前后关系的，“人是从猴子进化而来”是一种错误的说话。因此本书着重介绍的是进化树的理解和意义，而不是其背后的算法等，很适合入门...

正如题目而言，本书的目的是要大家更好地理解进化树，化解一些最常见的误解，即现存的生命都是处于进化树的枝头，现存的生命之间是没有进化的前后关系的，“人是从猴子进化而来”是一种错误的说话。因此本书着重介绍的是进化树的理解和意义，而不是其背后的算法等，很适合入门...

用户评价

读了《Tree Thinking》之后，我才真正体会到“复利”的威力。虽然这个词听起来很商业，但这本书却用一种非常“自然”的方式，将复利的原理展现在我眼前。作者在描述树木生长时，反复强调了“从小到大”和“量变到质变”的过程。一棵小小的树苗，通过不断地吸收阳光、水分和养分，每一片叶子的光合作用，每一次枝丫的伸展，都在为它的成长贡献力量。而这种力量，并非简单的线性累加，而是呈现出指数级的增长。随着树木的不断长大，它的根系更加深扎，树冠更加繁茂，能够吸收更多的资源，从而进一步加速生长。这种“滚雪球”效应，在书中被描绘得淋漓尽致。我立刻联想到了自己的学习和工作。如果我每天只学习一点点新知识，可能很难看到明显的效果。但如果我坚持每天都建立新的知识连接，或者不断深化已有的理解，那么随着时间的推移，我的知识体系就会像这棵大树一样，呈现出惊人的增长。这本书给了我坚持下去的动力，也让我明白了，真正的进步往往是缓慢而持续的，但它的最终效果却是惊人的。

读完《Tree Thinking》，我突然觉得自己好像拥有了“透视眼”。我曾经以为，事物就是我们看到的样子，但这本书却像一个显微镜，让我看到了事物背后隐藏的更深层的结构和联系。作者用“树”作为隐喻，将生物演化、信息传播、知识体系等看似不相关的领域联系起来，让我看到了它们共同的“生命脉络”。我记得书中有一段描述，关于病毒的传播路径，从最初的感染者，像一颗种子一样，不断分裂、扩散，形成一个巨大的、错综复杂的传播网络。这种可视化地展示，让我对“风险”有了更直观的理解，也让我开始思考如何去“切断”这些传播链条。同样，在理解社会现象时，我也不再满足于表面的观察，而是开始尝试去挖掘隐藏在现象背后的“树状”结构，去理解各种因素是如何相互作用，共同推动事件的发展。这种思维模式的转变，让我对世界的理解更加深入，也让我对很多社会问题有了更批判性的思考。我不再容易被表面的信息所迷惑，而是能够透过现象看本质，去发现事物发展的真实规律。

《Tree Thinking》这本书，为我打开了“预测”的新思路。我一直以为预测是基于对当前情况的分析，然后推算出未来的走向。但这本书却让我看到，预测的本质，在于理解事物发展的“规律”和“模式”。作者在探讨生物演化时，就展示了如何通过分析现有的物种结构，来推测已灭绝物种的形态和特征。这种“逆向思维”让我觉得非常新奇。我之前总想着如何“向前看”，而这本书却引导我“向后看”，去追溯事物的起源和发展轨迹，从而更好地理解它们的未来可能性。我尤其喜欢书中关于“分岔点”的讨论。每一次分岔，都代表着一次重要的选择，而这些选择，将直接影响到未来的发展方向。这种对“关键节点”的洞察，让我开始重新审视我自己在人生中做出的一些重要决定。我开始思考，当时我是否选择了最有利的分岔，或者我是否可以创造出新的分岔点来改变未来的轨迹。这本书让我明白了，预测并非是完全确定性的，而是关于概率和可能性的分析，而理解事物背后的“树状”逻辑，能够帮助我们更准确地评估这些可能性。

《Tree Thinking》这本书，彻底颠覆了我对“分类”的认知。一直以来，我以为分类就是简单地将事物划分到不同的类别，就像把书放到不同的书架一样。但这本书让我看到了分类背后蕴含的强大生命力，以及它如何揭示事物演化的内在逻辑。作者以生物演化为例，详细阐述了分类学如何从最初的混乱，逐渐演变成一个精密而富有层次的“生命之树”。每一次的“分支”，都代表着一次重大的演化事件，每一次的“归类”，都揭示着物种之间的亲缘关系。这种动态的、层层递进的分类方式，让我对“进化”这个概念有了更深刻的理解。它不仅仅是随机的变异，更是经过无数次选择和适应，最终形成稳定而有序的生命格局。我曾以为我对于“知识”的整理已经做得很好，但读完这本书，我才意识到，我的知识体系或许还停留在“扁平化”的阶段。作者鼓励我尝试用“树状”的方式去组织我的学习和思考，将零散的知识点串联起来，形成一个有逻辑、有结构的知识网络。这种方式让我记忆更牢固，理解更深刻，并且能够更容易地将不同领域的知识融会贯通，产生新的想法。

《Tree Thinking》这本书，真的让我对“复杂性”不再感到恐惧，反而充满了好奇。我曾经害怕处理复杂的问题，总觉得无从下手。但这本书通过“树”这个看似简单的概念，巧妙地将庞大的信息和复杂的系统梳理得井井有条。作者用大量生动形象的例子，从微观的细胞分裂到宏观的宇宙演化，都展现了“树状”结构的优雅和力量。我特别喜欢书中关于“层级”的讨论。每一个层级都有其独特的规则和功能，而不同层级之间又相互关联、相互影响。这种结构化的思维方式，让我能够将一个庞大的、复杂的系统分解成一个个可管理的小模块，然后逐一击破。这就像在爬山一样，我不再被眼前的巍峨高山所吓倒，而是专注于脚下的每一级台阶，一步一个脚印地向上攀登。这本书让我明白，复杂性并非是混乱，而是隐藏着秩序和规律。只要我们能够找到正确的“入口”，理解其内在的“树状”逻辑，我们就能够驾驭复杂，甚至从中发现新的机遇。

读《Tree Thinking》这本书，最大的收获是让我看到了“连接”的无限可能。我一直以为，成功往往是依靠个人的能力和努力。但这本书让我明白，真正的力量，在于建立和维系各种连接。作者在描述生物演化时，就反复强调了物种之间的竞争与合作，以及这些连接如何推动了生命的繁荣。同样，在人类社会中，信息、知识、情感，都是通过各种“树状”的网络进行传播和交流。这本书让我开始重新审视我身边的人脉关系，以及我与信息、知识之间的互动方式。我意识到，我可能过于孤立地去追求目标，而忽略了建立有效的连接。作者鼓励我主动去“分支”，去接触新的领域，去认识不同的人，去探索新的可能性。同时，我也要学会“汇聚”，将分散的资源和信息整合起来，形成更强大的合力。这种对“连接”的重视，让我开始尝试更开放、更具协作性的工作方式，并且取得了意想不到的成效。

这本书，用一种极其“自然”的方式，让我领略了“系统”的魅力。我之前对“系统”这个词总有一种刻板的印象，觉得它只属于工程学和管理学。但《Tree Thinking》打破了我的这种认知，它将“系统”的概念融入到我们身边最熟悉不过的“树”中，让我看到了其中蕴含的深刻智慧。作者描绘了从一粒种子到参天大树的生长过程，每一个分支的生长方向、叶片的排列方式，都似乎遵循着某种优化法则，以最大程度地获取阳光和养分。这种对生长和适应的深刻洞察，让我联想到企业内部的组织结构、甚至是个人职业生涯的发展规划。书中探讨的“分支”与“融合”的概念，也让我对“创新”和“协作”有了新的理解。创新并非凭空产生，而是源于对现有知识的不断分支和延伸；而协作，则是不同分支的有机结合，共同支撑起更宏大的目标。我曾经在团队合作中遇到的瓶颈，或许正是因为我们没有像大树一样，充分发挥每个成员的独特性，并找到最佳的连接方式。这本书让我意识到，理解事物运作的底层逻辑，比掌握表面的技巧更为重要。它教会我用一种更具整体性和前瞻性的眼光，去分析问题、设计方案，从而获得更长远、更稳固的成功。

《Tree Thinking》这本书，给我最大的震撼在于它所展现出的“关联性”的力量。在现代社会，我们习惯于将事物孤立地看待，追求效率和确定性。然而，这本书却像一位智慧的导师，引导我们看到事物之间错综复杂的联系，以及这种联系如何塑造了我们的世界。作者从生物的演化图谱出发，一路延伸到社会网络的构建，再到知识体系的梳理，无处不体现着“树”这个概念的包容性和延展性。我记得书中有个章节详细介绍了生物分类学是如何一步步演变成一棵巨大的生命之树，每一片叶子、每一根枝丫都代表着一个物种，而它们之间的连接则诉说着数百万年的演化故事。这种宏大的视角让我意识到，我们所处的自然界并非零散的个体集合，而是一个紧密相连、相互影响的巨大生命网络。同样，在理解人类社会时，我们也常常忽略了信息、思想、甚至疾病是如何通过“树状”的路径传播和扩散的。作者通过一些精彩的案例分析，让我对“蝴蝶效应”有了更直观的理解。读完这本书，我不再害怕面对复杂性，反而开始享受探索事物之间深层联系的过程。它鼓励我跳出固有的思维模式，去思考“为什么”和“如何”这些问题，而不是仅仅满足于“是什么”。这种思维方式的转变，让我在处理工作中的难题时，能够找到更具创新性和根本性的解决方案。

读完《Tree Thinking》这本书，我真的有一种豁然开朗的感觉。它不仅仅是一本关于“树”的书，更像是一把钥匙，为我打开了看待世界、理解事物的新视角。书的开篇就以一种非常引人入胜的方式，从一个看似简单的树枝分叉入手，逐步深入到生物演化、系统科学、甚至是哲学思考的广阔领域。我常常在阅读过程中停下来，回想起自己生活中遇到的各种现象，比如疾病的传播路径、信息在网络上的扩散方式，甚至是我们人际关系的网络，都与书中描绘的“树状结构”有着惊人的相似之处。作者用大量生动形象的例子，从古老的化石记录到现代的基因测序，从植物的生长规律到人类社会的组织形式，一一展示了树状思维的普遍性和强大生命力。尤其让我印象深刻的是，作者并没有将这些复杂的概念写得晦涩难懂，而是通过清晰的逻辑和富有诗意的语言，将它们融入到引人入胜的故事和观察中。我曾以为科学的本质是冷冰冰的公式和理论，但《Tree Thinking》让我看到了科学背后那种深刻的美感和秩序。每次翻开这本书，我都能发现新的惊喜，好像每一页都蕴含着等待我去探索的宝藏。它让我不再局限于线性思维的束缚，而是开始学会用更广阔、更深刻的眼光去审视周围的一切，去理解事物之间的内在联系和发展脉络。这本书带来的启发是持续而深刻的，它正在悄悄地改变我思考问题的方式。

《Tree Thinking》这本书，就像一本“思维的说明书”，让我学会了如何更有效地去“思考”。我之前以为“思考”就是一种自然而然的过程，但这本书却让我看到了其中蕴含的深刻智慧和方法论。作者通过“树”这个隐喻，将复杂的思维过程变得清晰易懂。它让我理解了“归纳”和“演绎”的关系，理解了“发散”和“收敛”的平衡。我曾经在写作时常常感到灵感枯竭，不知道如何组织思路。而这本书，为我提供了一种全新的“组织”思路。我开始尝试用“树状图”来梳理我的想法，从一个核心观点出发，不断向外“分支”，延伸出各种支持性的论据和细节。这种方式让我能够更全面地思考问题，也能够更清晰地表达我的观点。更重要的是，这本书让我看到了“思考”本身也是一个不断演化的过程，就像一棵树，需要不断地生长和枝繁叶茂，才能结出丰硕的果实。它让我对手中的工作充满了热情，也让我对未来的学习和成长充满了期待。