医用细菌遗传学实验指南

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出版者:科学出版社
作者:马洛伊
出品人:
页数:0
译者:
出版时间:1998-09-01
价格:68.00元
装帧:
isbn号码:9787030065483
丛书系列:
图书标签:
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具体描述

一部有关下二个十年"热点"的大型手册,由各国科学家在美国冷泉港实验室的不断实践与修改而诞生。本书理论与实践兼备,是一本阐述细菌致病性的分子遗传学手册。在介绍概念、技术和应用之后,详述了以沙门氏杆菌和弧菌所进行的15个实验。本书内容包括细菌致病机制及其一般概念、微生物遗传的应用、遗传作图、突变及其分析、转导与融合、基因调控、重组DNA和实验描述部分等。

本书可供从事分子

《微生物基因组学原理与实践》 内容梗概 本书是一本系统性介绍微生物基因组学核心原理、前沿技术以及广泛应用的著作。它旨在为微生物学、分子生物学、生物信息学、遗传学、医学、农学、环境科学等领域的科研人员、研究生及高年级本科生提供一套全面、深入的学习和实践指南。本书不包含任何关于“医用细菌遗传学实验”的具体内容,而是着重于更广阔的微生物基因组层面,探讨微生物世界中隐藏的遗传信息如何被解读、利用,以及它们如何影响我们的生活和环境。 第一部分:微生物基因组学基础理论 本部分将带领读者从宏观到微观,逐步构建对微生物基因组学的完整认知。 第一章:微生物基因组学的缘起与发展 回顾微生物学研究的早期历史,以及对微生物遗传物质的初步探索。 阐述基因组学的诞生及其对生命科学产生的革命性影响。 重点介绍宏基因组学、单细胞基因组学、微生物代谢组学等新兴分支的出现及其发展脉络。 分析微生物基因组学在揭示微生物多样性、进化规律、生态功能等方面的独特优势。 展望微生物基因组学未来的发展方向,如人工智能在基因组数据分析中的应用,以及基因组编辑技术与微生物学的交叉融合。 第二章:微生物基因组结构与组成 详细介绍微生物基因组的载体,包括染色体(环状DNA、线性DNA)和质粒,以及它们的分子结构特征。 深入剖析基因组的组成,包括编码区(基因)、非编码区(调控元件、重复序列、插入序列等)的作用和功能。 探讨基因组大小、GC含量等关键参数的意义及其在微生物分类和适应性演化中的作用。 讲解基因组拷贝数变异(CNV)在微生物群体中的普遍性及其对表型的影响。 介绍基因组冗余、基因家族、同源重组等重要的基因组组织模式,并分析其进化意义。 第三章:微生物基因组信息学分析基础 本章旨在建立读者对微生物基因组数据处理和分析的基本概念。 介绍基因组测序技术的发展历程,从一代测序(Sanger测序)到二代测序(Illumina、Ion Torrent等)再到三代测序(PacBio、Oxford Nanopore)的原理、优缺点及应用场景。 详细阐述基因组组装(de novo组装、重组装)的基本流程和常用算法,以及组装质量评估的重要性。 讲解基因识别与注释(gene prediction and annotation)的核心概念,包括开放阅读框(ORF)的预测、功能基因数据库的介绍(如KEGG、GO、Pfam)以及注释策略。 介绍基因组比较学(comparative genomics)的基本方法,包括同源比对(BLAST)、序列比对、基因组共线性分析等,并阐述其在揭示物种间差异与共同性、进化关系、功能适应性方面的价值。 讨论基因组变异分析(variant analysis),包括单核苷酸多态性(SNP)、插入/缺失(indel)、结构变异(SV)的鉴定及其生物学意义。 第二部分:微生物基因组学前沿技术与应用 本部分将深入探讨当前微生物基因组学领域最激动人心的技术进展,以及它们如何赋能各个应用领域。 第四章:宏基因组学的理论与方法 详细阐述宏基因组学(metagenomics)的概念,即直接从环境样品中提取所有微生物的DNA进行测序分析,无需分离培养。 介绍宏基因组学研究的典型流程,包括样品采集、DNA提取、文库构建、高通量测序、数据预处理、序列拼接与组装、基因注释。 深入探讨宏基因组学数据分析的关键技术,包括: 物种组成分析(compositional analysis): 基于16S rRNA基因测序(16S rRNA amplicon sequencing)和全基因组测序(whole-genome shotgun sequencing)的物种丰度估计方法(如QIIME、MetaPhlAn)。 功能预测与分析(functional prediction and analysis): 基于基因注释结果,预测环境微生物群落的功能潜力(如Tax4Fun、PICRUSt)。 宏基因组组装(metagenome-assembled genomes, MAGs): 从宏基因组数据中重构单个微生物基因组的策略和挑战。 列举宏基因组学在土壤微生物、海洋微生物、人体微生物组(肠道、皮肤、呼吸道等)、食品微生物等领域的经典应用案例。 第五章:单细胞基因组学(scGAS)与环境基因组学(environmental genomics) 介绍单细胞基因组学(single-cell genomics)的基本原理,即从单个微生物细胞中提取DNA并进行基因组测序,克服了传统培养技术的局限性。 阐述scGAS技术在研究难培养微生物、异质性群体以及获得高质量单细胞基因组方面的优势。 讨论scGAS在揭示微生物多样性、进化、生理状态等方面的应用。 深入介绍环境基因组学(environmental genomics)的概念,强调其在直接研究环境微生物群落基因组层面的能力。 区分宏基因组学与环境基因组学,并探讨两者的互补性。 讲解环境基因组学在解码未知微生物、发现新功能基因、理解微生物在生态系统中的作用方面的突破性贡献。 提供在水体、土壤、极端环境等典型环境样本中开展环境基因组学研究的范例。 第六章:微生物基因组编辑与合成生物学 聚焦于CRISPR-Cas系统在微生物基因组编辑中的革命性应用。 详细介绍CRISPR-Cas9、Cas12a等不同系统的编辑原理、工具开发以及在基因敲除、敲入、碱基编辑、表观遗传修饰等方面的能力。 讨论CRISPR系统在功能基因验证、基因通路改造、基因组工程等方面的应用。 引介合成生物学(synthetic biology)的概念,强调其利用工程学原理设计、构建和改造生物系统的目标。 介绍微生物基因组合成(genome synthesis)技术,包括基因合成、DNA组装、染色体构建和活细胞转化等关键步骤。 阐述合成基因组在设计全新生物功能、优化代谢产物生产、构建人工生命系统等方面的潜力。 探讨基因组工程与合成生物学在生物燃料、药物生产、环境修复、生物传感器等领域的应用前景。 第三部分:微生物基因组学的广泛应用 本部分将展示微生物基因组学如何渗透到科学研究和社会发展的各个领域,提供具体的应用案例和解决方案。 第七章:微生物基因组学在环境科学中的应用 环境微生物多样性与生态功能解析: 如何利用宏基因组学和环境基因组学研究土壤、水体、空气等环境中微生物群落结构、物种组成及其在物质循环(如碳、氮、硫循环)中的作用。 污染物降解与生物修复: 鉴定能够降解特定污染物的微生物基因和代谢途径,为开发有效的生物修复技术提供基因组学依据。 气候变化与微生物响应: 研究气候变化(如温度升高、酸化)对微生物基因组和群落功能的影响,预测其对全球生态系统的潜在反馈。 微生物在地球化学过程中的角色: 揭示微生物在矿物形成、金属转化、岩石风化等地球化学过程中的作用。 第八章:微生物基因组学在工业生物技术中的应用 高效代谢产物生产: 通过基因组挖掘、代谢工程和合成生物学方法,改造微生物以提高目标化合物(如抗生素、酶、维生素、氨基酸、生物燃料)的产量和选择性。 新型酶的发现与应用: 利用宏基因组学技术从多样化的环境中筛选具有独特催化功能的酶,并进行基因组学和蛋白质组学研究以优化其性能。 工业发酵过程优化: 通过分析发酵过程中微生物基因组和转录组的变化,优化发酵条件,提高生产效率。 生物制造平台的构建: 基于微生物基因组信息,设计和构建高效的微生物“细胞工厂”。 第九章:微生物基因组学在农业和食品科学中的应用 植物微生物组与植物健康: 研究植物根际、叶际微生物组的组成和功能,鉴定有益微生物(如固氮菌、促生菌)并开发生物肥料和生物农药。 动物肠道微生物组与健康: 了解动物肠道微生物组与宿主健康、营养吸收、免疫功能等的关系,为改进饲料和改善动物健康提供策略。 食品发酵与食品安全: 深入研究发酵食品(如酸奶、奶酪、泡菜)中的微生物群落,优化发酵过程,控制风味,提高营养价值。利用基因组学技术监测食源性病原菌,保障食品安全。 土壤健康与作物产量: 通过研究土壤微生物基因组,改善土壤肥力,提高作物产量,减少化肥农药的使用。 第十章:微生物基因组学在医学领域的潜在应用(非临床实验指南) 理解人体微生物组与疾病: 探索人体不同部位(如肠道、口腔、皮肤)微生物组与宿主健康、免疫系统、代谢性疾病、炎症性疾病、神经系统疾病等之间的关联。 病原微生物的快速鉴定与耐药性监测: 利用基因组学技术快速鉴定病原体,预测其耐药性,为临床诊断和治疗提供重要信息。 发现新型抗生素与药物靶点: 通过基因组挖掘,寻找具有抗菌活性的新化合物,或识别新的药物靶点。 开发疫苗与诊断工具: 基于病原微生物的基因组信息,设计更有效、更特异的疫苗和诊断试剂。 噬菌体疗法的基因组学基础: 研究噬菌体与细菌的相互作用,为噬菌体疗法在抗生素耐药性问题中的应用提供基因组学支持。 (重要声明:本章内容仅为基因组学在医学领域的原理性介绍和潜在应用方向,不包含任何实际的临床实验操作、诊断方法或治疗方案,也并非指导任何具体的医学诊断或治疗。读者在进行任何医学相关的活动时,务必遵循专业的医疗指导和规范。) 结论 《微生物基因组学原理与实践》旨在为读者提供一个理解微生物世界遗传奥秘的窗口。通过深入浅出的理论阐述、前沿技术的详细介绍以及丰富多样的应用案例,本书将帮助读者掌握微生物基因组学的核心知识,理解其在现代生命科学研究和技术发展中的关键作用。本书内容不涉及具体细菌的实验操作,而是聚焦于微生物基因组这一更广阔的范畴,为读者在各自的研究领域提供理论支持和思路启发。 致谢 本书的完成离不开众多科研工作者在微生物基因组学领域的辛勤耕耘和不懈探索。在此,我们向所有为该领域发展做出贡献的同仁致以最诚挚的感谢。 作者简介 (此处可以留空,或者简要介绍与微生物基因组学相关的作者背景,但避免提及与“医用细菌遗传学实验”相关的具体细节。)

作者简介

目录信息

译者的话
DELBRUCK的遗赠
前言
原理篇
纵览
对多种细菌进行遗传学分析
第一章
细菌的致病机制
第二章
微生物遗传学的实践方面
第三章
遗传作图
第四章
突变体及其分析
第五章
转座子与融合
第六章
基因调控
第七章
重组DNA
实验篇
实验1--6简介
第八章
实验1转座子:在结构基因中插入MINI-MU-LAC
第九章
实验2转座子:与
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读后感

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用户评价

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这本书的排版设计简直是一场视觉的灾难,完全不符合现代实验指南的审美标准。首先,字体选择上,正文和图注之间毫无区分度,都采用了一种略显老旧的衬线字体,阅读起来非常费力,尤其是在长时间面对复杂的实验步骤和图谱时,眼睛干涩和疲劳感是难以避免的。更不用提那些插入的插图和流程图了,它们的清晰度简直像用老式传真机复印出来的,线条模糊不清,很多关键的细节——比如培养皿上的菌落形态描述,或者显微镜下的染色结果——都因为分辨率太低而变得难以辨认。我花了将近一个小时试图理解其中一个关于质粒转化的图示,结果发现关键的酶切位点标记几乎被墨迹糊成了一团。如果这是一本面向临床实践或前沿科研的工具书,这种对视觉信息的怠慢是完全不可接受的。它让人感觉作者根本没有花心思去优化读者的使用体验,只是简单地将旧有的教学材料堆砌在了纸面上,缺乏必要的视觉引导和现代信息传递的效率。这本书的装帧质量也令人失望,内页纸张偏薄,油墨似乎容易蹭到手上,每一次翻页都带着一种廉价感,完全配不上其应有的专业定位。

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从技术内容的深度来看,这本书的更新速度令人担忧,它似乎停滞在了十多年前的实验技术水平。在现今这个分子生物学日新月异的时代,许多传统技术已经被更高效、更灵敏的替代方法所取代。然而,这本书中仍花费了大量的篇幅去详细描述那些现在已经很少在标准实验室中使用的冗长且低产出的方法。比如,它对某种特定的基因文库构建流程的描述,完全没有提及基于高通量测序的新型策略,而这些新技术才是目前该领域的主流。对于任何希望紧跟学术前沿的研究人员来说,这本书提供的知识体系显得陈旧而笨重。它更像是一份历史文献,而非实用的操作手册。阅读它,我感觉自己像是在学习如何使用拨号上网,而不是如何驾驭当前最先进的生物技术平台。缺乏对新兴技术的吸纳和评价,使得这本书的参考价值大打折扣,它提供的解决方案往往是“绕远路”的。

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书中对试剂配制和仪器校准部分的描述,简直是噩梦一场,充满了令人困惑的模糊用词和过时的标准。它在提到某些缓冲液的pH值时,仅仅给出了一个大致的范围,例如“调节至中性偏碱”,却没有提供精确到小数点后两位的标准值,更别提使用哪种pH计进行校准,或者具体的温度条件。在进行需要高度精确性的实验时,这种模糊是致命的。我们都知道,在分子遗传学领域,哪怕是微小的pH波动都可能导致酶活性丧失或实验失败。此外,关于某些商业化检测试剂盒的使用说明,书中只是简单地引用了试剂盒的名称,却完全没有提及批次间的差异性、推荐的最佳孵育时间或者如何进行有效的质量控制。这让我怀疑作者是否真的亲手操作过这些步骤,或者是否理解现代实验室对可重复性和标准化要求的苛刻程度。如果我按照书中的描述进行操作,我更有可能得到一堆无效数据,而不是可靠的结果。

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这本书的索引系统和术语表设计得非常不友好,完全体现了一种“使用者不重要”的态度。我多次尝试查找特定基因或蛋白质的操作步骤,但索引中的条目要么过于宽泛,要么干脆缺失了核心关键词的对应。例如,搜索“CRISPR/Cas9”相关的操作时,我发现相关的章节分散在不同的部分,且没有一个统一的交叉引用入口,导致我必须像大海捞针一样在不同的章节目录间来回跳转。更令人抓狂的是,书后的术语表形同虚设,它收录了一些非常基础、任何本科生都知道的术语,却刻意忽略了那些在实验指南中频繁出现、但可能对新手构成障碍的复杂缩写和特定试剂的商品名称全称。这表明作者在组织知识结构时,没有站在一个需要快速查找答案的读者的角度去设计信息架构。一本好的指南,其价值一半在于内容,另一半就在于检索效率,而这本书在这方面表现得极其拙劣,极大地拖慢了实验准备的效率。

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我一直以为,一本优秀的实验指南应当是那种在你真正需要它的时候,能够迅速给你明确指引的“战友”,而不是一本需要你耗费心力去“破解”的密码本。然而,这本书在叙述逻辑上存在着巨大的跳跃性,仿佛作者预设了读者已经掌握了所有基础知识,直接从一个概念跳到另一个高度复杂的步骤,中间的衔接和过渡几乎是真空的。例如,在讨论到某些关键的分子生物学技术时,它会突然抛出一个专有名词,却完全没有对其原理或操作规范进行任何基础性的回顾或侧重解释。对于一个刚接触这个领域的学生或者需要快速复习关键流程的在职人员来说,这种突兀感会立刻导致阅读中断,迫使你不得不放下这本书,转而去搜索其他的参考资料来填补这些知识断点。这种缺乏连贯性的写作风格,极大地削弱了它的实用价值,使得它更像是一本高度浓缩的摘要,而不是一份可以独立操作的“指南”。真正的指南应该像一个耐心的导师,一步步引导你,确保你理解了“为什么”和“怎么做”,而不是只冷冰冰地罗列“做什么”。

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