《制度变迁中的企业创新研究》在马克思主义经济理论的基础上，借鉴西方创新理论和制度经济学的科学成分，在研究方法上，运用微观分析与宏观分析相结合、定性分析与定量分析相结合、历史分析和逻辑分析相结合、规范分析与实证分析相结合、比较分析和创新分析相结合的方法。注意理论联系实际，力求避免抽象而空洞的概念演绎。全书分两大部分，包括引言和正文五章。

第一部分为基础理论的梳理和简要评论。包括引言和第一章。在引言中介绍了《制度变迁中的企业创新研究》的研究意义、基本概念的界定、研究方法和分析框架以及《制度变迁中的企业创新研究》的创新之处。第一章阐述创新理论的思想来源和发展脉络。首先介绍了创新理论的发端与兴起，评述并比较了马克思和熊彼特对创新理论的研究视角和学术贡献；然后对创新理论的两大分支——技术创新理论和制度创新理论的各自观点、基本概念进行了梳理；最后在评述技术决定论与制度决定论之争的基础上，针对我国过去重技术创新、轻制度创新的倾向，提出以企业为技术创新的主体，构建技术创新的支持系统。

第二部分为《制度变迁中的企业创新研究》的主体部分，包括第二章至第五章的全部内容。

第二章为“企业内创新：制度安排、组织结构与技术创新”。本章通过回顾技术创新与企业制度变迁的互动演进历史，提出由于企业是技术创新的主体，因此必须加强企业制度建设，从企业产权制度激励、组织制度激励等不同角度，架构企业技术创新的内部激励制度体系，在企业内部形成相对完善的技术创新制度动力系统。

第三章为“企业间创新：创新网络的进化与治理”。本章在总结技术创新与近现代工业演进历史的基础上，突出强调了自20世纪90年代以来，信息、通讯等技术的创新引发了新一轮的经济增长。在知识经济的冲击下，企业创新更加注重发展企业间的合作网络，以充分利用本企业外部的资源优势，逐步形成了一种新的企业组织形态——企业网络组织。企业创新网络的联结机制、治理机制和运行机制充分体现了知识经济浪潮中企业合作创新的新特点。由于网络效应和创新外部性的存在，使企业创新网络呈现空间集聚特征。本章通过丰田公司的外包网络和鲁尔区在工业衰退区重建创新网络的案例分析，提出了促进我国企业网络化建设和加速中国科技园区发展的政策建议。

第四章为“市场制度创新：企业创新的自发动力系统”。由于市场制度是一种实施费用低、效率高的激励制度，企业作为市场经济的主体，通过市场的内生机制，可以使企业迫于竞争压力，开展主动创新，并减少创新的盲目性。本章在分析市场制度变迁及其动力系统构成的基础上，重点对推动技术创新成果交易和鼓励、规范企业竞争的市场制度进行分析，探讨通过市场制度创新，激励我国企业进行持久活跃的技术创新。

第五章为“政府职能创新：企业创新的催化系统”。由于技术创新具有“准公共品”的特点，仅靠市场制度对企业创新进行激励，会出现企业创新动力不足、国际竞争力下降等问题，因此要加快技术创新的进程，除了依靠市场制度的激励外，还需要借助政府行为促进市场体系的发育，更好地发挥政府的宏观调控职能，加强政策面的导向和支持。各国的经济发展史表明：一方面，如果没有一个明智政府的积极促进，任何国家要实现经济迅速发展和社会进步都是不可能的；另一方面，政府干预过多也会带来灾难性的后果，因此，讨论政府的经济职能时，既要认识到政府的经济职能所在，又要能够将政府作用界定在适当的范围内。本章在分析开放型市场经济变迁过程以及政府主导经济转轨必要性的基础上，重点对开放条件下政府职能的重新定位进行分析，探讨通过政府职能创新和构筑国家创新系统，激励我国企业创新的对策选择。