牟潤孫先生（1908-1988）一生的事業，大抵可以分為三期：中國大陸時期（1908-1949）、台灣時期（1949-1954），與香港時期（1954-1988）。牟氏事業的高峰在香港，因此香港時期又可細分為兩個階段，任教時期與退休時期。

大陸時期（41 歲以前）的研究重心為宗教史，代表性作品有1938 年的〈宋代之摩尼教〉與1941 年的〈崔浩與其政敵〉。台灣時期（41 歲至46 歲）的研究重心為逐漸離開宗教史，轉向經史研究，代表性作品有1950 年的〈《折可存墓志銘》考證兼論宋江之結局〉、〈敦煌唐寫姓氏錄殘卷考證〉，與1952 年的〈《春秋左傳》辨疑〉。

香港時期（46 歲以後）的研究重心為中國中古史與清代學術思想，大體而言，前期（任教期）以中古史為重心，後期（退休期）以清代學術思想為重點。前期的代表性作品有1955 年的〈春秋時代母系遺俗《公羊》證義〉，1958 年的〈論儒釋兩家之講經與義疏〉，1960年的〈從唐代初期的政治制度論中國文人政治之形成〉，1964 年的〈唐太宗廢立太子與南北文化之關係〉，1965年〈論魏晉以來之崇尚談辯及其影響〉，1967 年〈唐初南北學人論學之異趣與其影響〉，以及1970 年〈從《紅樓夢》研究說到曹雪芹的反理學思想〉等等。1973 年退休後，潤孫先生仍然筆耕不輟，以在清代學術思想方面的研究最為豐盛，代表性的作品有：1974 年的〈《聊齋志異》所記清兵在山東的屠殺〉，1975年〈蔣良驥的《東華錄》與《清實錄》〉，1976 年〈論《漢書‧五行志》〉，1977 年〈反理學的惠棟〉，1978年〈釋《紅樓夢》中的「皇商」〉、〈曹雪芹描寫大觀園的取材〉、〈從《紅樓夢》的抄家談起〉、〈論乾隆時期的貪污〉、〈論康熙、乾隆時期的「南巡」〉，1980 年〈論清代史學衰落的原因〉、〈論曹雪芹撰《紅樓夢》的構想〉，1981 年〈《聊齋志異》對官僚的攻擊與諷刺〉，1982 年〈明末西洋大炮由明人後金考略〉，以及1985年〈論清王朝富盛時期的內帑——修圓明園的費用與清皇室的財富〉等等。

牟潤孫先生在經史考證上有不凡的能力，其治學特徵為常能以精闢深入的考據來發揚義理，這對在義理裡做知識探索的思想史學者極有助益，提醒思想史學者注意到思想轉折與現實政治之間的微妙關係。作為顧頡剛的學生，他的這套學問進路，基本上是延續「五四新文化運動」後胡適等透過「整理國故」運動所推衍的「新考據」。但進一步探索，我們發現潤孫先生的「新考據」又在這個傳統裡另闢天地，造就了自己的不凡事業。