第1章　R語言社區 1
1．1 R語言簡史 1
1．1．1 S語言的誕生 1
1．1．2 R語言的誕生 2
1．2 R語言社區 3
1．2．1 郵件列錶 3
1．2．2 R語言手冊 4
1．2．3 在綫資源 4
1．2．4 R語言聯盟 4
1．2．5 用戶活動 5
1．3 R語言的開發 5
1．4 本章小結 6
1．5 本章答疑 6
1．6 課後研習 7
1．7 補充練習 7
* 2章　R語言環境 8
2．1 集成開發環境 8
2．1．1 R GUI 8
2．1．2 RStudio IDE 9
2．1．3 其他開發環境 10
2．2 R語法 10
2．2．1 控製颱 10
2．2．2 腳本 11
2．3 R對象 12
2．3．1 R包 12
2．3．2 搜索路徑 12
2．3．3 列齣對象 13
2．3．4 R的工作空間 14
2．4 使用R包 16
2．4．1 查找閤適的包 17
2．4．2 安裝R包 17
2．4．3 載入R包 19
2．5 內部幫助 20
2．6 本章小結 21
2．7 本章答疑 21
2．8 課後研習 22
2．9 補充練習 23
第3章　單模式數據結構 24
3．1 R的數據類型 24
3．2 嚮量、矩陣和數組 25
3．3 嚮量 25
3．3．1 創建嚮量 26
3．3．2 嚮量屬性 30
3．3．3 索引嚮量 32
3．4 矩陣 36
3．4．1 創建矩陣 37
3．4．2 矩陣屬性 39
3．4．3 索引矩陣 41
3．5 數組 44
3．5．1 創建數組 44
3．5．2 數組屬性 45
3．5．3 索引數組 45
3．6 單模式數據對象之間的關係 46
3．7 本章小結 47
3．8 本章答疑 47
3．9 課後研習 48
3．10 補充練習 49
第4章　多模式數據結構 50
4．1 多模式結構 50
4．2 列錶 51
4．2．1 列錶是什麼 51
4．2．2 創建空列錶 52
4．2．3 創建非空列錶 52
4．2．4 創建有元素名的列錶 53
4．2．5 創建列錶：總結 53
4．2．6 列錶屬性 54
4．2．7 索引列錶 55
4．2．8 索引列錶的子集 55
4．2．9 引用列錶的元素 58
4．2．10 添加列錶元素 60
4．2．11 列錶語法總結 61
4．2．12 為何要學習列錶 63
4．3 數據框 66
4．3．1 創建數據框 66
4．3．2 查詢數據框的屬性 67
4．3．3 選取數據框的列 67
4．3．4 添加數據框的列 67
4．3．5 索引數據框的列 68
4．3．6 作為矩陣引用 69
4．3．7 索引數據框總結 71
4．4 探索數據 71
4．4．1 數據的頂部和底部 72
4．4．2 數據視圖 72
4．4．3 匯總數據 74
4．4．4 可視化數據 74
4．5 本章小結 75
4．6 本章答疑 75
4．7 課後研習 77
4．8 補充練習 78
第5章　日期、時間和因子 80
5．1 處理日期和時間 80
5．1．1 創建日期對象 80
5．1．2 創建包含時間的對象 81
5．1．3 操控日期和時間 82
5．2 lubridate包 83
5．3 處理分類數據 84
5．3．1 創建因子 84
5．3．2 管理因子的水平 86
5．3．3 創建連續數據的因子 86
5．4 本章小結 87
5．5 本章答疑 88
5．6 課後研習 88
5．7 補充練習 89
第6章　常用R函數 90
6．1 R函數的用法 90
6．2 處理數值數據的函數 91
6．2．1 數學函數和運算符 91
6．2．2 統計匯總函數 92
6．2．3 模擬和統計分布 93
6．3 處理邏輯數據的函數 94
6．4 處理缺失數據的函數 95
6．5 處理字符數據的函數 96
6．5．1 處理簡單的字符 96
6．5．2 查找和替換 97
6．6 本章小結 98
6．7 本章答疑 98
6．8 課後研習 98
6．9 補充練習 99
第7章　編寫函數：* 一部分 100
7．1 為何要學習函數 100
7．2 創建簡單的函數 101
7．2．1 命名函數 102
7．2．2 定義函數的參數 103
7．2．3 函數作用域規則 104
7．2．4 返迴對象 104
7．3 If/Else結構 106
7．3．1 一個簡單的R示例 107
7．3．2 嵌套語句 108
7．3．3 使用一個條件 108
7．3．4 多個測試值 109
7．3．5 匯總成一個邏輯值 109
7．3．6 簡化邏輯輸入 110
7．3．7 反轉邏輯值 111
7．3．8 混閤條件 112
7．3．9 控製與/或語句 112
7．3．10 提前返迴 113
7．3．11 示例 114
7．4 本章小結 115
7．5 本章答疑 115
7．6 課後研習 116
7．7 補充練習 117
第8章　編寫函數：* 二部分 119
8．1 錯誤和警告 119
8．1．1 錯誤消息 120
8．1．2 警告消息 121
8．2 檢查輸入 122
8．3 省略號 124
8．3．1 使用省略號 125
8．3．2 用省略號傳遞圖形參數 125
8．4 檢查多值輸入 128
8．5 使用輸入定義 130
8．6 本章小結 133
8．7 本章答疑 133
8．8 課後研習 134
8．9 補充練習 135
第9章　循環和匯總 136
9．1 重復的任務 136
9．1．1 循環 136
9．1．2 for 循環 137
9．1．3 while循環 142
9．2 “應用”函數傢族 143
9．3 apply()函數 144
9．3．1 MARGIN 144
9．3．2 簡單的apply()用例 145
9．3．3 使用多個MARGIN 146
9．3．4 更高維結構使用apply() 147
9．3．5 給“待應用”函數傳遞
其他參數 148
9．3．6 在自定義函數中使用apply() 150
9．3．7 給函數傳遞額外參數 151
9．3．8 應用於數據框 152
9．4 lapply()函數 153
9．4．1 split()函數 154
9．4．2 分割數據框 155
9．4．3 用lapply()函數處理嚮量 157
9．4．4 “應用”輸入的次序 158
9．4．5 用lapply()函數處理數據框 160
9．5 sapply()函數 161
9．5．1 從sapply()返迴 162
9．5．2 為何要使用sapply() 164
9．6 tapply()函數 165
9．6．1 多個分組變量 165
9．6．2 多值返迴 166
9．6．3 從tapply()返迴值 168
9．7 本章小結 169
9．8 本章答疑 169
9．9 課後研習 170
9．10 補充練習 171
* 10章　導入和導齣 172
10．1 處理文本文件 172
10．1．1 讀入文本文件 173
10．1．2 讀入CSV文件 174
10．1．3 導齣文本文件 175
10．1．4 更快導入和導齣 175
10．1．5 高效數據存儲 175
10．1．6 所有權和其他格式 176
10．2 關係數據庫 177
10．2．1 RODBC 177
10．2．2 DBI 178
10．3 操作Microsoft Excel 179
10．4 本章小結 183
10．5 本章答疑 183
10．6 課後研習 184
10．7 補充練習 184
* 11章　數據操控和轉換 186
11．1 排序 186
11．1．1 數據框排序 187
11．1．2 降序排列 187
11．2 附加 188
11．3 閤並 188
11．3．1 閤並示例 189
11．3．2 缺失值 190
11．4 重復值 191
11．5 重組 192
11．5．1 用reshape進行重組 192
11．5．2 融閤 193
11．5．3 重鑄 194
11．5．4 用tidyr進行重組 195
11．6 數據整閤 197
11．6．1 使用“for”循環 197
11．6．2 使用“應用”函數 198
11．6．3 aggregate()函數 199
11．6．4 使用帶公式的aggregate() 199
11．6．5 根據指 定列使用aggregate() 201
11．6．6 計算baseline的差值 203
11．7 本章小結 204
11．8 本章答疑 204
11．9 課後研習 205
11．10 補充練習 205
* 12章　高效數據處理 206
12．1 dplyr：處理數據的新方式 206
12．1．1 創建dplyr（tbl_df）對象 207
12．1．2 排序 208
12．1．3 訪問子集 208
12．1．4 添加新列 210
12．1．5 閤並 211
12．1．6 整閤 212
12．1．7 管道操作符 215
12．2 用data．table高效處理數據 216
12．2．1 創建data．table 216
12．2．2 設置key 217
12．2．3 取子集 217
12．2．4 添加新行和新列 219
12．2．5 閤並 221
12．2．6 整閤 222
12．2．7 處理超大數據集的其他包 223
12．3 本章小結 224
12．4 本章答疑 224
12．5 課後研習 224
12．6 補充練習 225
* 13章　圖形 226
13．1 圖形設備和顔色 226
13．1．1 設備 226
13．1．2 顔色 227
13．2 高 級圖形函數 227
13．2．1 單變量圖形函數 228
13．2．2 plot()函數 230
13．2．3 圖形屬性 231
13．3 初級圖形函數 235
13．3．1 點和綫 235
13．3．2 文本 236
13．3．3 圖例 237
13．3．4 其他初級函數 239
13．4 圖形參數 239
13．5 控製布局 240
13．5．1 網格布局 240
13．5．2 layout()函數 241
13．6 本章小結 242
13．7 本章答疑 242
13．8 課後研習 243
13．9 補充練習 244
* 14章　ggplot2圖形包 245
14．1 ggplot2的哲學 245
14．2 快速繪圖和基本控製 246
14．2．1 使用qplot() 246
14．2．2 標題和軸 247
14．2．3 使用圖層 247
14．2．4 把圖形作為對象 248
14．3 更改繪製類型 249
14．3．1 繪製類型 249
14．3．2 組閤繪製類型 251
14．4 圖形屬性 251
14．4．1 控製圖形屬性 252
14．4．2 標度和圖例 254
14．4．3 處理分組數據 256
14．5 麵闆（分麵） 257
14．5．1 facet_grid()的用法 258
14．5．2 facet_wrap()的用法 259
14．5．3 從qplot()中進行分麵 260
14．6 定製繪圖 260
14．6．1 ggplot() 260
14．6．2 坐標係 264
14．7 主題和布局 265
14．7．1 調整單個繪圖 265
14．7．2 全局主題 266
14．7．3 圖例布局 266
14．8 ggvis的演變 267
14．9 本章小結 267
14．10 本章答疑 268
14．11 課後研習 268
14．12 補充練習 269
* 15章　lattice圖形 270
15．1 格子圖形的曆史 270
15．2 lattice包 271
15．3 創建簡單的lattice圖形 271
15．3．1 lattice圖形類型 272
15．3．2 繪製數據的子集 277
15．4 圖形選項 278
15．4．1 標題和軸 278
15．4．2 繪製類型和格式 279
15．5 多變量 280
15．6 數據的分組 281
15．7 使用麵闆 282
15．7．1 控製條頭 283
15．7．2 多個“By”變量 284
15．7．3 麵闆函數 285
15．8 控製樣式 290
15．8．1 預覽樣式 291
15．8．2 創建主題 292
15．8．3 使用主題 293
15．9 本章小結 294
15．10 本章答疑 294
15．11 課後研習 295
15．12 補充練習 295
* 16章　R模型和麵嚮對象 296
16．1 R中的統計模型 296
16．2 簡單的綫性模型 296
16．3 在R中評估模型 298
16．3．1 模型匯總 298
16．3．2 模型診斷圖 299
16．3．3 提取模型元素 300
16．3．4 作為列錶對象的模型 302
16．3．5 在繪圖中添加模型綫 304
16．3．6 模型預測 305
16．4 多元綫性迴歸 306
16．4．1 更新模型 306
16．4．2 比較嵌套模型 307
16．5 交互項 309
16．6 因子自變量 311
16．7 變量轉換 314
16．8 R和麵嚮對象 316
16．8．1 麵嚮對象 316
16．8．2 綫性模型方法 317
16．9 本章小結 318
16．10 本章答疑 318
16．11 課後研習 319
16．12 補充練習 319
* 17章　常見R模型 320
17．1 廣義綫性模型 320
17．1．1 GLM定義 321
17．1．2 擬閤GLM模型 321
17．1．3 擬閤高斯模型 322
17．1．4 glm對象 323
17．1．5 Logistic迴歸 325
17．1．6 泊鬆迴歸 327
17．1．7 GLM擴展 329
17．2 非綫性模型 329
17．2．1 非綫性迴歸 330
17．2．2 非綫性模型擴展 335
17．3 生存分析 336
17．3．1 ovarian數據框 336
17．3．2 刪失數據 336
17．3．3 估計生存函數 337
17．3．4 比例風險 341
17．3．5 生存模型擴展 344
17．4 時間序列分析 344
17．4．1 時間序列對象 344
17．4．2 分解時間序列 346
17．4．3 平滑 347
17．4．4 自相關 349
17．4．5 擬閤ARIMA模型 349
17．5 本章小結 352
17．6 本章答疑 352
17．7 課後研習 352
17．8 補充練習 353
* 18章　代碼提速 354
18．1 確定效率 354
18．1．1 性能分析 355
18．1．2 標準分析工具 355
18．2 初始化 356
18．3 嚮量化 357
18．3．1 什麼是嚮量化 358
18．3．2 怎樣編碼可以嚮量化 358
18．4 使用替換函數 360
18．5 管理內存使用 360
18．6 集成C++ 361
18．6．1 C++和Rcpp的使用時機 361
18．6．2 基本函數 362
18．6．3 在C++中使用R函數 364
18．7 本章小結 364
18．8 本章答疑 365
18．9 課後研習 365
18．10 補充練習 366
* 19章　構建包 367
19．1 為什麼要構建R包 367
19．2 R包的結構 368
19．2．1 創建包的結構 368
19．2．2 DESCRIPTION文件 369
19．2．3 NAMESPACE文件 370
19．2．4 R目錄 370
19．2．5 man目錄 371
19．3 代碼質量 371
19．4 用roxygen2自動創建文檔 372
19．4．1 函數的roxygen注釋塊 372
19．4．2 撰寫包的文檔 374
19．4．3 創建和更新幫助頁麵 374
19．5 用devtools構建包 375
19．5．1 檢查 375
19．5．2 構建 377
19．5．3 安裝 377
19．6 本章小結 378
19．7 本章答疑 378
19．8 課後研習 378
19．9 補充練習 379
* 20章　構建高 級包 380
20．1 擴展R包 380
20．2 開發測試框架 381
20．2．1 testthat介紹 381
20．2．2 將測試閤並進包中 383
20．3 在包中包含數據 384
20．4 包含用戶指南 386
20．4．1 在包中包含使用指南 386
20．4．2 撰寫使用指南 387
20．5 用Rcpp編碼 389
20．6 本章小結 390
20．7 本章答疑 390
20．8 課後研習 391
20．9 補充練習 391
* 21章　編寫R類 393
21．1 什麼是類 393
21．1．1 R中的麵嚮對象 394
21．1．2 為何要用麵嚮對象 394
21．1．3 為何要使用S3 396
21．2 創建新的S3類 396
21．3 泛型函數和方法 398
21．3．1 為算術操作符定義方法 399
21．3．2 列錶和屬性 400
21．3．3 創建新的泛型 401
21．4 在S3中繼承 402
21．5 創建S3文檔 403
21．6 S3的局限性 403
21．7 本章小結 404
21．8 本章答疑 404
21．9 課後研習 404
21．10 補充練習 405
* 22章　正式的類係統 406
22．1 S4 406
22．1．1 使用S4類 407
22．1．2 定義S4類 407
22．1．3 方法 410
22．1．4 定義新的泛型函數 411
22．1．5 多重分派 412
22．1．6 繼承 413
22．1．7 創建S4的文檔 414
22．2 引用類 415
22．2．1 創建新的引用類 415
22．2．2 定義方法 417
22．2．3 復製引用類的對象 419
22．2．4 創建引用類的文檔 420
22．3 R6類 421
22．3．1 公有成員和私有成員 421
22．3．2 R6示例 421
22．4 其他類係統 422
22．5 本章小結 422
22．6 本章答疑 423
22．7 課後研習 423
22．8 補充練習 424
* 23章　動態報告 425
23．1 什麼是動態報告 425
23．2 knitr包簡介 426
23．3 用RMarkdown生成
簡單的報告 426
23．3．1 RMarkdown文檔基礎 426
23．3．2 創建HTML文件 427
23．3．3 包含R的代碼和輸齣 428
23．4 用LaTeX生成報告 430
23．4．1 LaTeX文檔基礎 430
23．4．2 在LaTeX文檔中包含代碼 431
23．5 本章小結 433
23．6 本章答疑 433
23．7 課後研習 433
23．8 補充練習 434
* 24章　用Shiny創建網絡應用程序 435
24．1 簡單的Shiny應用程序 435
24．1．1 Shiny應用程序的結構 435
24．1．2 ui組件 436
24．1．3 server組件 437
24．2 響應式函數 439
24．2．1 為何需要響應式函數 439
24．2．2 創建一個簡單的響應式函數 440
24．3 交互式文檔 441
24．4 共享Shiny應用程序 442
24．5 本章小結 442
24．6 本章答疑 443
24．7 課後研習 443
24．8 補充練習 444
附錄A　安裝 445
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