《公司治理:理论与实证研究》主要分为六篇内容：第一篇公司资本结构与公司治理。本篇包括四部分内容。一是资本结构与利益相关者控制权研究。资本结构与控制权之间的相互作用机制，又使得控制权的分配与转移作用于企业的资本结构，促进资本结构的优化。二是财务杠杆、大股东持股与公司价值分析。本部分在实证分析方法上突破现有的研究模式，把公司价值方程与股权结构和债务结构决定方程结合构建了联立方程组，实证结果的可靠性和稳定性得到改进。三是股权结构与公司治理绩效的实证分析。本部分在上述理论的基础上，从股权属性和股权集中度两个方面，用实证方法对我国上市公司股权结构与公司治理绩效的关系进行分析。四是关于债权的治理效应分析。本部分以2002-2004年度沪市上市公司为样本（样本总量为2284组数据），对我国上市公司的债权治理效率进行了实证分析。结果表明我国上市公司负债对其公司绩效有重要影响。本部分对这一结果进行了原因分析，并提出了政策建议。第二篇公司的控制权安排。本篇包括四部分内容。一是企业控制权的演进与本质的分析。现代公司控制权在其发展中呈现出不同以往企业制度的不同特性，即控制权来源的多维性、控制权的可分割性和控制权的动态性。二是控制权私有收益计量方法的比较及其改进分析。本部分首先概括了国内外现有关于度量控制权私有收益的不同方法，然后对现存方法进行比较分析及评价，最后在对现有计量方法进行改进的基础上提出适用于我国上市公司控制权私有收益的计量方法并对其应用进行理论上的探讨。三是上市公司控制权私有收益实证研究。本部分的主要目的是通过对中国上市公司控股股东的私有收益规模的测度并对其影响因素进行多变量线性回归分析，以期对制约我国上市公司控股股东对中小股东的侵害行为提出建设性意见。四是后股权分置改革时代的上市公司控制权机制研究。本部分在对股权分置时代中国上市公司控制权机制存在的缺陷进行分析的基础上，探讨了股权分置改革对中国上市公司控制权机制的影响机理，之后论述了后股权分置改革时代优化上市公司控制权机制的几点建议。第三篇上市公司关联交易及治理。本章包括两部分内容。一是公司关联交易的经济学分析。关联企业间是否发生关联交易取决于两个因素：其一，关联企业间是否存在控制与从属关系，或者共同受第三方的控制或影响，这是关联交易的决策及贯彻执行得以进行的保证；其二，关联交易的双方或一方将在预期时期内从交易中获得净收益，这是关联交易得以进行的前提。在这两种因素的作用下，即使是明显不公允的关联交易，仍将实际发生（如果不进行相应的监管）。二是我国上市公司关联交易决定因素的实证分析。本部分通过建立数学模型对其进行定量分析，得出以下结论：第一大股东与关联交易呈正相关性并通过显著性检验；高层管理人员持股比例与关联交易呈正相关性，但未通过显著性检验；第一大股东之外的前五位大股东持股比例与关联交易数量未呈现相关性；独立董事比例与上市公司关联交易呈现负相关性。第四篇公司治理申的权力与利益关系。本篇包括三部分内容。一是公司权力及权力的配置问题分析。公司治理的制度设计就必须恰当的配置企业中的各种权力关系，其本质就是权力的治理。因此，权力是理解治理结构的一把钥匙。二是高管报酬激励与公司绩效的关系研究。本部分选取深、沪A股上市公司1107家，分别从报酬形式、总经理来源形式、公司规模、行业竞争环境、地区分布、股权结构、代理成本等方面对高管人员报酬（高管薪酬和高管持股）激励与公司治理绩效之间的相关关系进行分析，最后根据实证分析的结果。提出相关的政策建议。三是股权结构和董事会结构对CEO薪酬的影响研究。实证研究表明，我国引进独立董事制度以来，CEO薪酬水平以及薪酬业绩之间的关联性得到了显著的改善。独立董事对公司治理机制的完善需要同时进行产权改革，以及通过设立次级委员会的方式，加强独立董事对公司治理的影响程度。第五篇公司有限责任与股份价值评估权制度。本篇包括四部分内容。一是现代企业母子公司体制的法律透视。本部分提出了公司法人人格否认法理的应用、实施举证责任倒置原则、公司董事应履行“诚信义务”及子公司自我保护的对策建议。二是母子公司制条件下母公司恶意经营行为及其治理。本部分结合我国实践，分析母公司恶意经营行为的方式及成因，并提出对母公司恶意经营行为的控制途径。三是异议股东股份价值评估权的适用性分析。该部分研究为股份公司适用异议股东股份价值评估权制度提供了理论基础。四是公司治理中的中小股东权益保护机制研究。公司治理制度安排是围绕着对股东利益的保护而展开的。因此，如何确保股东的利益，特别是作为弱势群体的中小股东的利益，是公司治理所要解决的核心问题。第六篇公司管理层收购与价值评估。本篇研究了两方面的内容。一是竞争条件下管理层收购的投资价值及最优投资时机选择。本部分利用期权博弈方法，结合传统的战略分析研究管理层收购中目标企业的投资价值和最优投资决策。二是分析了基于实物期权方法的管理层收购中的企业价值评估方法。本部分采用实物期权方法从交易双方的角度研究管理层收购中的企业价值评估模型，首先介绍企业自身价值评估的实物期权方法，随后对企业的投资价值进行分析计算，最后形成企业价值评估的整体框架。