村上龍出生於日本長崎縣佐世保市。在1967年他進入縣立佐世保北高中就讀，曾加入橄欖球隊，但半年後因為無法適應而退出。之後與朋友組成搖滾樂團「腔棘魚」，一年後解散，村上改加入新聞社。在1969年的夏天，他在高中校園內進行屋頂封鎖抗爭，結果被無限期停學，隔年（1970年）3月，村上在畢業前又再度成立搖滾樂團，並開始拍攝電影、舉辦搖滾演唱會，這些過程之後村上改寫成小說《69》（sixty nine），於1987年在日本出版。

高中畢業後，村上進入出版社現代思潮社的美術學校就讀，但在半年後被退學。兩年後（1972年4月）村上進入武藏野美術大學造型學部基礎設計科就讀。1976年他以《接近無限透明的藍》（限りなく透明に近いブルー）獲得第十九屆群像新人文學獎，之後又獲得第七十五屆的芥川龍之介賞。作品中描寫失去活力的青年，進行群交及施打麻醉藥品等脫離日常生活的情節。至2005年為止，《接近無限透明的藍》在日本銷售超過350萬本（包含單行本和文庫本）。

《接近無限透明的藍》在芥川龍之介賞的評審會議中引起激烈討論。丹羽文雄、井上靖、吉行淳之介、中村光夫傾向支持，而永井龍男和瀧井孝作則極度反對。安岡章太郎投下半票，最後以4.5比2過半數的贊成票結果，讓村上龍獲獎。

1976年村上與電子琴家高橋田津子（音譯，本名：高橋たづ子）結婚。1977年從武藏野美術大學休學。1980年與妻子生下長子村上大軌，10月出版《寄物櫃裡的嬰孩》（コインロッカー・ベイビーズ）。該書以當時日本的寄物櫃嬰兒遺棄事件為發想，於1981年獲得第三屆野間文藝新人獎。

在1980年代，村上龍與村上春樹被稱為「雙村上」（W村上），不過兩人並無任何親戚關係，在工作方面的定位和調性也沒有太大的共通點。以這樣的稱號為背景，兩人在1981年出版對談集《Walk Don't Run》。

1999年11月，村上以金融、經濟為主要議題，推出電子雜誌（メールマガジン）《JMM》。同年又推出批判日本社會對泡沫經濟之反應的圖畫書《那些錢能買些什麼呢》（あの金で何が買えたか）。

2004年發表《工作大未來—從13歲開始迎向世界》（13歳のハローワーク）[1]。以還能自由選擇通往大人世界入口道路的「13歲」為目標，列出現實世界中各種工作、職業的實用資訊。同時也間接批判尼特族等新勞動經濟學所產生的社會問題。

此外，村上也與交情深厚的中上健次、坂本龍一、中田英壽出版過多本對談集。