Yeast Gene Analysis, Volume 26 (Methods in Microbiology)

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出版者:Academic Press
作者:Alistair J.P. Brown
出品人:
页数:0
译者:
出版时间:1998-05-26
价格:USD 177.00
装帧:Paperback
isbn号码:9780121366551
丛书系列:
图书标签:
  • Yeast
  • Gene
  • Analysis
  • Microbiology
  • Molecular Biology
  • Genetics
  • Biotechnology
  • Fungal Genetics
  • Methods
  • Laboratory Techniques
  • Saccharomyces cerevisiae
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具体描述

《酵母基因组学研究:技术与实践》 本书是对真核模式生物——酵母——基因组学研究领域进行深入探索的集大成之作。作为微生物学研究方法系列的重要一员,本书并非简单罗列已有知识,而是致力于提供一套系统、全面且前沿的技术框架,以应对当前酵母基因组学研究中涌现出的新挑战与新机遇。本书的撰写旨在为广大科研工作者,包括但不限于分子生物学、遗传学、细胞生物学、生物化学以及系统生物学领域的学生、博士后及资深研究人员,提供一份兼具理论深度与实践指导意义的参考。 核心内容概述: 本书内容聚焦于酵母基因组学研究的各个关键环节,从基因功能挖掘到通路解析,再到对基因组复杂性的理解,都提供了详尽的技术指导与案例分析。 基因组功能元件的鉴定与分析:本书将详细介绍一系列用于识别和功能注释酵母基因组中编码区、非编码区(如启动子、增强子、沉默元件、调控RNA等)以及其他关键功能元件的先进技术。这包括但不限于高通 Seuence Coverage 的基因组测序与比对方法、ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)用于鉴定转录因子结合位点、ATAC-seq(转座酶可及染色质测序)用于评估染色质开放性,以及各种 RNA-seq 衍生的方法(如 CAGE-seq、GRO-seq)用于转录起始位点和转录延伸的精确定位。 高通量基因筛选与功能扰动策略:为了实现对大量基因功能的系统性解析,本书将重点阐述多种高通量基因筛选技术。这包括针对酵母的 CRISPR-Cas9 基因编辑技术平台,如何设计和应用 sgRNA 文库进行全基因组的功能筛选,以识别对特定表型(如药物敏感性、代谢产物产生、细胞周期调控等)至关重要的基因。此外,还将深入探讨基于 RNAi(RNA干扰)和过表达文库的筛选策略,以及如何结合自动化高通量成像技术,实现对数以万计基因突变体或扰动株的表型筛选。 基因组调控网络的解析:理解基因如何协同工作形成复杂的调控网络是现代生物学研究的核心。本书将介绍一系列揭示基因调控网络的先进技术,例如酵母 Two-Hybrid(酵母双杂交)系统及其优化版本,用于鉴定蛋白质-蛋白质互作;Yeast-Three-Hybrid(酵母三杂交)系统,用于识别 RNA-蛋白质或 DNA-蛋白质的相互作用;以及 Co-IP(共免疫沉淀)与质谱联用,用于解析蛋白质复合物的组成。同时,还将详细介绍如何利用基因表达数据(如时间序列 RNA-seq)与计算生物学方法(如 Granger 因果分析、贝叶斯网络推断)来构建和验证基因调控网络。 染色质结构与表观遗传调控的研究:基因组的功能受到其三维结构和表观遗传修饰的深刻影响。本书将提供关于研究酵母染色质结构与表观遗传调控的实用技术。这包括 MNase-seq(核小体定位测序)用于精确绘制核小体位置;ChIP-seq 用于检测组蛋白修饰(如乙酰化、甲基化、磷酸化)和染色质重塑复合物的结合;Hi-C(高通量染色质构象捕获)及其变体,用于解析全基因组的染色质三维空间组织。还将介绍相关的表观遗传酶(如组蛋白去乙酰化酶、甲基转移酶)的功能抑制和激活研究方法。 系统层面的基因组功能整合与建模:本书不仅关注单个基因或基因组区域的功能,更强调如何将分散的基因组信息整合起来,形成对细胞生命活动系统层面的理解。将介绍如何利用代谢组学、蛋白质组学、流式细胞术等多组学数据,结合数学建模与计算仿真,构建预测性的细胞模型。例如,如何构建基于代谢通路的约束模型,以预测酵母在不同营养条件下的代谢产物产量;如何利用系统生物学方法整合转录组、蛋白质组数据,理解细胞响应外界刺激的动态过程。 新型酵母株系的构建与基因组编辑工具的应用:为了支持上述研究,本书还将介绍如何利用最新的基因组编辑技术,如 CRISPR/Cas9、TALENs(转录激活因子样核酸酶)等,在酵母基因组中进行精确的基因敲除、敲入、点突变,以及引入报告基因或标签。还将讨论如何设计和构建复杂的基因线路,以实现对细胞功能的精细调控和工程化改造。 实践导向与未来展望: 本书在技术介绍之外,还穿插了大量的实验流程优化建议、潜在的实验陷阱分析以及数据解读的注意事项。每章都尽可能地结合具体的研究案例,展示如何将所介绍的技术应用于实际的生物学问题。本书旨在培养读者独立解决复杂生物学问题的能力,并鼓励他们探索酵母基因组学研究的新疆界。 展望未来,本书将为酵母基因组学研究的持续发展奠定坚实的技术基础,并有望推动其在合成生物学、生物能源、医药研发等领域的广泛应用。本书的读者将能够掌握最前沿的技术手段,从而在瞬息万变的生命科学领域保持领先地位。

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