Microarray Analysis of the Physical Genome

Microarray Analysis of the Physical Genome pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:
作者:Pollack, Jonathan R. 编
出品人:
页数:236
译者:
出版时间:2009-7
价格:$ 157.07
装帧:
isbn号码:9781603271912
丛书系列:
图书标签:
  • 基因组学
  • 微阵列
  • 生物信息学
  • 基因表达
  • DNA芯片
  • 分子生物学
  • 遗传学
  • 基因组分析
  • 生物技术
  • 医学
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具体描述

In the early years of microarray technology, efforts were directed mainly at profiling expressed genes, while recently the microarray platform has been adapted into diverse applications directed toward the investigation of the physical genome. In Microarray Analysis of the Physical Genome: Methods and Protocols, experts in the field cover DNA microarray applications for the detection and characterization of genomic DNA-associated copy number alteration, loss of heterozygosity (LOH), cytosine methylation, protein binding sites, regulatory elements, and replication timing, with an emphasis on higher eukaryote (animal) and cancer genomes. Written in the highly successful Methods in Molecular Biologya series format, chapters include a brief introduction to their respective subjects, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step protocols, and time-saving notes on troubleshooting and avoiding known pitfalls. Authoritative and easy-to-use, Microarray Analysis of the Physical Genome: Methods and Protocols is of great value to the molecular biologist or computational biologist interested in understanding the principles of these analyses or in planning future experiments using microarrays to characterize the physical genome.

好的,这是一本关于蛋白质组学研究进展与应用的图书简介。 --- 蛋白质组学:从基础理论到前沿应用 本书关键词: 蛋白质组学、质谱技术、生物信息学、药物发现、疾病标志物、结构生物学 图书简介 《蛋白质组学:从基础理论到前沿应用》 是一部全面深入探讨蛋白质组学领域最新进展与实践操作的权威著作。本书旨在为生命科学研究人员、生物技术专家、临床医生以及对蛋白质功能和调控机制感兴趣的学生和专业人士,提供一个系统、前瞻性的知识框架。 蛋白质是生命活动的核心执行者,其功能状态直接决定了细胞、组织乃至整个生物体的健康与疾病状态。蛋白质组学,作为继基因组学和转录组学之后,对生命系统进行高通量、系统性研究的关键学科,正以前所未有的速度推动着基础生物学研究向精准医学的转化。本书聚焦于当前蛋白质组学领域最为核心的技术革新、数据解析挑战以及在生物医学领域展现出的巨大潜力。 第一部分:蛋白质组学基础与技术平台 本书的开篇部分系统回顾了蛋白质组学的基本概念、研究范式及其在生命科学研究中的战略地位。我们详细阐述了从蛋白质的提取、纯化到鉴定的完整流程,重点剖析了当前主流的高效分离技术。 1. 蛋白质分离与富集策略: 我们深入讨论了二维凝胶电泳(2D-PAGE)的原理、局限性及优化方法,并详细介绍了基于亲和力、尺寸排阻、离子交换和疏水作用的各类色谱技术在蛋白质组学样本前处理中的应用。特别地,本书着重介绍了针对低丰度蛋白(如细胞信号分子、细胞外泌体蛋白)的有效富集策略,这对揭示复杂生物体液中的关键生物标志物至关重要。 2. 质谱技术:蛋白质组学的核心驱动力: 质谱技术是现代蛋白质组学的基石。本书用大量篇幅系统介绍了高分辨率串联质谱(MS/MS)的工作原理,包括 MALDI-TOF 和 ESI 离子源的特性。我们详细对比了不同碎裂模式(如 HCD, ETD, CID)对肽段序列信息获取的影响。此外,本书还对数据依赖采集(DDA)和数据非依赖采集(DIA)两种主流分析模式进行了深入的比较分析,强调了 DIA 在提高定量准确性和覆盖度方面的优势,并提供了实际操作中的参数优化指南。 3. 定量蛋白质组学:绝对与相对定量: 准确的蛋白质定量是理解功能变化的基础。本书全面梳理了主要的定量方法,包括: 标签化技术: 详细介绍了 ICAT、SILAC(稳定同位素标记的氨基酸培养)在体内实验中的应用,以及 TMT/iTRAQ 等多路复用标记技术如何实现大规模样本的平行比较。 无标签定量方法: 深入分析了基于峰面积的标签无关定量(Label-Free Quantification, LFQ)的统计学基础及其在分析复杂时间序列实验中的实用性。 第二部分:高级分析与信息整合 蛋白质组学产生海量数据,有效解析和解释这些数据是实现科学发现的关键瓶颈。本书的第二部分专注于将原始质谱数据转化为具有生物学意义的知识。 4. 蛋白质组学生物信息学工作流程: 我们为读者构建了一个从原始谱图文件到可解释结果的完整生物信息学流程。这包括:数据库搜索策略(如 SEQUEST, MaxQuant, Proteome Discoverer)、错误率控制(如 FDR 设定)、以及针对特定研究目的的修饰识别算法(如翻译后修饰, PTMs)。 5. 翻译后修饰(PTMs)的深度解析: PTMs 是蛋白质功能调控的瞬时开关。本书专门辟出一章讨论磷酸化、泛素化、糖基化等关键修饰的鉴定方法。我们探讨了如何利用富集技术(如 TiO2, 磷酸亲和抗体)与高分辨率质谱相结合,来构建动态的信号转导网络图谱。 6. 蛋白质相互作用网络与系统生物学整合: 单纯的蛋白质列表无法揭示生物学机制。本书重点讲解了如何将蛋白质组学数据与基因组学、转录组学数据进行多组学整合分析。我们介绍了构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)的工具和方法(如 STRING 数据库的应用),以及如何利用网络拓扑学分析来识别关键的调控节点(Hub Proteins),从而指导后续的功能验证实验。 第三部分:前沿应用与临床转化 本书的后半部分将理论与技术应用于实际的生物医学研究领域,展示了蛋白质组学在解决重大科学和临床问题中的强大能力。 7. 肿瘤蛋白质组学与精准治疗: 在癌症研究中,蛋白质组学已成为发现新型诊断标志物和预测治疗反应的有力工具。本书详细介绍了空间蛋白质组学(Spatial Proteomics)的概念,讨论了如何通过高通量成像质谱技术,在组织切片上原位、高分辨率地绘制蛋白质表达和定位图谱,这对于理解肿瘤微环境的异质性至关重要。同时,我们探讨了利用患者样本的蛋白质组特征来指导靶向药物和免疫疗法的选择。 8. 液体活检与生物标志物发现: 血液、尿液、唾液等体液中的蛋白质组构成(特别是细胞外囊泡/外泌体携带的蛋白质)为非侵入性疾病监测提供了巨大机遇。本书详细阐述了从这些复杂体液中稳定分离和高灵敏度检测特定蛋白组成分的技术挑战与解决方案,并回顾了近年来在心血管疾病、神经退行性疾病(如阿尔茨海默病)的早期诊断标志物筛选方面的成功案例。 9. 结构蛋白质组学与药物靶点鉴定: 了解蛋白质的三维结构对于理解其功能和设计新药至关重要。本书介绍了氢/氘交换质谱(HDX-MS)技术在探究蛋白质构象变化、稳定状态以及药物结合位点方面的应用。通过监测肽段的氘代/氢交换速率,研究人员可以实时了解蛋白质在不同生理条件或与配体结合时的结构动态,为新药靶点的合理设计提供了结构学基础。 结语 《蛋白质组学:从基础理论到前沿应用》不仅是一本技术手册,更是一部启发性的科学前沿指南。通过对技术原理的透彻解析和对前沿应用的翔实案例分析,本书旨在帮助读者跨越从实验室数据到临床洞察的鸿沟,为推动生命科学的下一个重大突破奠定坚实的知识基础。无论是希望掌握最新质谱操作流程的研究生,还是寻求将蛋白质组学技术应用于临床诊断的科研团队,都能从本书中获得宝贵的指导和深刻的启示。

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