序一
序二
前言
第一部分 動物分類學初步
第1章 動物分類學簡史
1.1 林奈之前
1.2 林奈與布豐
1.3 拉馬剋與居維葉及其他學者
1.4 達爾文與華萊士
1.5 邁爾與亨尼希
1.6 分支分類學派、進化分類學派與數值分類學派
1.7 今天的動物分類學
第2章 係統學的項目設計、樣本采集與保存
2.1 針對問題的形態特徵或分子標記選取
2.1.1 種群結構研究
2.1.2 種間界限與種群間雜交研究
2.1.3 高級階元係統發育研究
2.2 針對類群行為特點的采集方法
2.2.1 采集策略
2.2.2 采集方法
2.3 針對個體結構特點的保存方法
第二部分 動物分類學的經典內容和α分類的新內容
第3章 《國際動物命名法規》第四版概述
3.1 雙名法及若乾相關問題
3.2 《法規》對於電子齣版物的態度
3.3 可用名
3.4 優先權和有效名
3.5 各階元的名稱構成及使用
3.5.1 科級分類單元
3.5.2 屬級分類單元
3.5.3 種級分類單元
3.6 異名關係
3.7 同名關係
3.8 模式
3.8.1 科級分類單元
3.8.2 屬級分類單元
3.8.3 種級分類單元
3.9 展望
第4章 動物分類學的經典工作內容
4.1 鑒定
4.2 描述、繪圖和照相
4.3 修訂及新命名分類單元的記述
4.4 階元層級與分類係統
4.5 檢索錶
4.6 地理分布
第5章 形態學新技術的引入
5.1 數字化繪圖
5.2 電子顯微鏡
5.3 激光共聚焦顯微鏡
5.4 微型斷層掃描
5.5 幾何形態學
5.6 全形態
5.7 分類學的網絡化時代
第6章 無法統一的物種概念
6.1 生物學類的物種概念
6.2 生物學物種概念在現實中的睏難
6.3 係統發育類的物種概念
第7章 分子鑒定:DNA條形編碼
7.1 標記的選定
7.2 鑒定的算法
7.3 結果的采用
7.4 BOLD數據庫規範簡介
7.4.1 項目立項的規範
7.4.2 數據提交的規範
7.5 DNA條形碼能否助力譜係物種概念和譜係命名法規?
7.5.1 譜係命名法規概述
7.5.2 Barcoding、PSC和Phylocode
7.6 轉基因生物與閤成生物學
第三部分 生物地理學概述
第8章 物種形成:種群遺傳和地理
8.1 種化方式與地理之間的關係
8.2 種群遺傳分異與生態因素的協同
8.3 種群遺傳動態
第9章 物種地理分布格局:地質與生態
9.1 物種分異與地質曆史的協同
9.1.1 第四紀及其之前的曆史梗概
9.1.2 第四紀冰期與間冰期
9.1.3 人類的擴散遷移及其影響
9.2 階元級彆與分布格局形成機製的解釋
9.2.1 擴散理論
9.2.2 泛生物地理學
9.2.3 分支生物地理學
9.3 生態因子對物種分布的限製
第四部分 係統發育
第10章 係統發育係統學與分支分析
10.1 相似與同源
10.2 類群相關概念
10.3 特徵相關概念
10.3.1 性狀選取與性狀狀態
10.3.2 性狀評價與性狀加權
10.3.3 性狀的區分
10.4 樹圖相關概念
10.4.1 Hennig論證
10.4.2 簡約原則與樹長
10.4.3 樹的搜索
10.4.4 樹的閤意
10.4.5 樹的評價與檢驗
10.4.6 若乾問題
10.5 主乾種
10.6 分支圖與分類係統
10.6.1 Hennig的同等級彆法
10.6.2 Wiley等(1991)提齣的三個規則
10.6.3 9個約定
10.7 樹的其他用途
10.8 分子係統發育
10.9 不同信息來源結果的整閤
10.9.1 古DNA和古蛋白質
10.9.2 超級樹
10.10 基於形態信息與基於分子信息的分支分析研究
第11章 分子係統學的實驗部分
11.1 核酸提取
11.1.1 DNA的提取
11.1.2 綫粒體基因組的純化分離
11.1.3 RNA的提取
11.2 PCR技術、純化迴收與剋隆
11.2.1 一般的PCR
11.2.2 巢式PCR
11.2.3 增效PCR
11.2.4 TAIL-PCR
11.2.5 反轉錄PCR
11.2.6 長PCR
11.2.7 純化迴收與剋隆
11.3 序列測定與拼接和申報
11.3.1 Sanger法測序原理
11.3.2 短片段直接測序
11.3.3 高通量測序
11.3.4 單分子測序
11.3.5 序列拼接和申報
第12章 分子係統學的生物信息學部分
12.1 序列數據庫建立
12.1.1 序列數據的收集
12.1.2 標本信息與序列信息的整閤
12.2 序列格式與轉換
12.2.1 序列格式類型
12.2.2 常用的轉換軟件
12.3 綫粒體基因組分析
12.3.1 動物綫粒體基因組簡況
12.3.2 蛋白質編碼基因、rDNA和tRNA
12.4 EST與核基因組分析
12.4.1 EST
12.4.2 核基因組
12.5 短片段序列比對
12.5.1 短片段序列比對的一般方案
12.5.2 空位的問題以及POY軟件所做的比對
12.5.3 蛋白質編碼基因的手工比對
12.6 rRNA二級結構分析與應用
12.6.1 RNA二級結構模型的手動構建
12.6.2 RNA二級結構的熱力學運算與結果閤意
12.6.3 tRNA的二級結構及應用
12.6.4 rDNA內含子與長度變異區段
12.6.5 基於rRNA二級結構的rDNA手工比對
12.6.6 長度變異和插入缺失作為共有衍徵
第13章 分子係統學的建樹原則與算法
13.1 最大簡約法真的缺少模型麼?
13.1.1 最大簡約法與優化式簡約
13.1.2 布萊默支持指數
13.2 最大似然法與進化模型
13.2.1 似然原則與最大似然法
13.2.2 分子序列進化模型的類型
13.2.3 堿基替換模型的確定
13.2.4 rRNA二級結構中的堿基對替換模型
13.2.5 氨基酸替換模型
13.3 貝葉斯分析及其並行化
13.3.1 實現貝葉斯分析的原理
13.3.2 貝葉斯分析的並行化
13.4 數據不相閤性檢測
13.5 係統誤差與隨機誤差
13.6 一個老套卻仍然現實的問題:聯閤還是閤意?
第五部分 形態進化的分子係統學思考
第14章 分子鍾與中性進化
14.1 分子鍾
14.1.1 模型與檢驗
14.1.2 在形態進化研究中的應用
14.2 中性進化
14.2.1 模型與檢驗
14.2.2 在形態進化研究中的應用
第15章 進化發育:分子與形態之間的橋梁
15.1 生物發生律與馮貝爾法則
15.2 動物身體模式的建成
15.3 與局部形態相關的基因
15.4 無中生有:有希望的怪物
15.5 有中生有:結構演化與新功能
15.6 錶觀遺傳
15.7 個體發育與係統發育
15.8 發育或形態特徵作為共有衍徵
15.9 原位雜交簡介
彩版
· · · · · · (收起)