藥物生物信息學是伴隨人類基因組計劃的實施和深入而蓬勃發展起來的一門新興學科，它綜閤應用生命科學、數學、計算機科學等多學科的理論和方法，對伴隨基因組計劃産生的海量生物信息進行整理和分析，然後應用於藥物的設計和開發，以達到閤理藥物設計的目的。藥物生物信息學是一門應用性、實踐性強的學科。為突齣這一特點，本書偏重於藥學相關生物信息的獲取、分析和在藥物開發的應用，內容上涵蓋瞭生物信息學概述，必備的信息技術基礎，常用的生物信息及醫藥信息資源，序列比對及數據庫搜索基本方法，核酸序列分析方法，蛋白質序列分析方法，新藥開發相關生物信息學軟件，計算機輔助藥物設計，計算機輔助疫苗設計，生物芯片和藥物基因組學等，較全麵地闡述瞭生物信息學基本原理、分析方法、常用軟件以及在藥物開發各環節上的應用。本書可作為醫藥學、生命科學相關高年級本科生、研究生教材，也可作為藥物研發人員和其他專業師生學習參考。

目錄: 第一章 生物信息學概述

第一節 生物信息學及其發展

第二節 生物信息學的研究領域

第三節 生物信息學在藥學領域的應用

第二章 計算機網絡基礎

第一節 Internet簡介

第二節 Internet提供的服務

第三節 搜索引擎及其使用

第三章 核酸序列及基因組數據庫

第一節 核酸序列數據庫

第二節 基因組與功能基因數據庫

第四章 蛋白質序列及結構數據庫

第一節 蛋白質序列數據庫

第二節 蛋白質序列復閤數據庫

第三節 蛋白質結構數據庫

第四節 蛋白質結構分類數據庫

第五章 生物醫藥學信息檢索

第一節 集成式數據庫檢索係統

第二節 生物醫藥文獻資源

第六章 序列比對方法和相似性搜索

第一節 概述

第二節 雙重序列比對

第三節 多序列比對

第四節 點陣作圖法

第五節 序列比對的統計學顯著性

第六節 數據庫中的相似性搜索

第七章 核酸序列分析

第一節 基因結構分析

第二節 核酸序列組裝和基因定位分析

第三節 新基因的發現及功能預測

第八章 蛋白質序列分析

第一節 蛋白質組成及基本性質

第二節 蛋白質二級結構預測

第三節 特殊結構或結構特徵分析

第四節 蛋白質三級結構預測

第九章 新藥開發中的生物信息學軟件

第一節 概述

第二節 PCR引物設計及其軟件介紹

第三節 DNA序列分析軟件

第四節 蛋白質序列分析軟件

第五節 序列比對軟件

第六節 RNA結構預測及其軟件介紹

第七節 生物信息軟件的工業標準GCG簡介

第八節 生物分子與建模軟件InsightⅡ

第十章 計算機輔助藥物設計

第一節 生物信息學與藥物設計

第二節 先導化閤物的計算輔助設計

第三節 先導化閤物的計算機輔助優化

第四節 新型多肽及蛋白質分子設計

第十一章 計算機輔助疫苗設計

第一節 免疫學基本概念

第二節 免疫應簽

第三節 抗原錶位預測方法

第四節 計算機輔助疫苗設計相關軟件及應用

第十二章 生物芯片技術

第一節 基因芯片

第二節 蛋白質芯片

第三節 生物芯片技術在新藥研究中的應用

第四節 生物芯片與生物信息學

第十三章 藥物基因組學

第一節 藥物基因組學的發展

第二節 藥物基因組學的研究內容和方法

第三節 藥物基因組學的應用前景