譯者序
前　言
緻　謝
第1章　快速入門
1.1　怎樣運行R
1.1.1　交互模式
1.1.2　批處理模式
1.2　第一個R會話
1.3　函數入門
1.3.1　變量的作用域
1.3.2　默認參數
1.4　R語言中一些重要的數據結構
1.4.1　嚮量，R語言中的戰鬥機
1.4.2　字符串
1.4.3　矩陣
1.4.4　列錶
1.4.5　數據框
1.4.6　類
1.5　擴展案例：考試成績的迴歸分析
1.6　啓動和關閉R
1.7　獲取幫助
1.7.1　help()函數
1.7.2　example()函數
1.7.3　如果你不太清楚要查找什麼
1.7.4　其他主題的幫助
1.7.5　批處理模式的幫助
1.7.6　互聯網資源
第2章　嚮量
2.1　標量、嚮量、數組與矩陣
2.1.1　添加或刪除嚮量元素
2.1.2　獲取嚮量長度
2.1.3　作為嚮量的矩陣和數組
2.2　聲明
2.3　循環補齊
2.4　常用的嚮量運算
2.4.1　嚮量運算和邏輯運算
2.4.2　嚮量索引
2.4.3　用：運算符創建嚮量
2.4.4　使用seq()創建嚮量
2.4.5　使用rep()重復嚮量常數
2.5　使用all()和any()
2.5.1　擴展案例：尋找連續齣現1的遊程
2.5.2　擴展案例：預測離散值時間序列
2.6　嚮量化運算符
2.6.1　嚮量輸入，嚮量輸齣
2.6.2　嚮量輸入，矩陣輸齣
2.7　NA與NULL值
2.7.1　NA的使用
2.7.2　NULL的使用
2.8　篩選
2.8.1　生成篩選索引
2.8.2　使用subset()函數篩選
2.8.3　選擇函數which()
2.9　嚮量化的ifelse()函數
2.9.1　擴展案例：度量相關性
2.9.2　擴展案例：對鮑魚數據集重新編碼
2.10　測試嚮量相等
2.11　嚮量元素的名稱
2.12　關於c()的更多內容
第3章　矩陣和數組
3.1　創建矩陣
3.2　一般矩陣運算
3.2.1　綫性代數運算
3.2.2　矩陣索引
3.2.3　擴展案例：圖像操作
3.2.4　矩陣元素篩選
3.2.5　擴展案例：生成協方差矩陣
3.3　對矩陣的行和列調用函數
3.3.1　使用apply()函數
3.3.2　擴展案例：尋找異常值
3.4　增加或刪除矩陣的行或列
3.4.1　改變矩陣的大小
3.4.2　擴展案例：找到圖中距離最近的一對端點
3.5　嚮量與矩陣的差異
3.6　避免意外降維
3.7　矩陣的行和列的命名問題
3.8　高維數組
第4章　列錶
4.1　創建列錶
4.2　列錶的常規操作
4.2.1　列錶索引
4.2.2　增加或刪除列錶元素
4.2.3　獲取列錶長度
4.2.4　擴展案例：文本詞匯索引
4.3　訪問列錶元素和值
4.4　在列錶上使用apply係列函數
4.4.1　lapply()和sapply()的使用
4.4.2　擴展案例：文本詞匯索引（續）
4.4.3　擴展案例：鮑魚數據
4.5　遞歸型列錶
第5章　數據框
5.1　創建數據框
5.1.1　訪問數據框
5.1.2　擴展案例：考試成績的迴歸分析（續）
5.2　其他矩陣式操作
5.2.1　提取子數據框
5.2.2　缺失值的處理
5.2.3　使用rbind()和cbind()等函數
5.2.4　使用apply()
5.2.5　擴展案例：工資研究
5.3　閤並數據框
5.4　應用於數據框的函數
5.4.1　在數據框上應用lapply()和sapply()函數
5.4.2　擴展案例：應用Logistic模型
5.4.3　擴展案例：學習中文方言的輔助工具
第6章　因子和錶
6.1　因子與水平
6.2　因子的常用函數
6.2.1　tapply函數
6.2.2　split()函數
6.2.3　by()函數
6.3　錶的操作
6.3.1　錶中有關矩陣和類似數組的操作
6.3.2　擴展案例： 提取子錶
6.3.3　擴展案例：在錶中尋找頻數最大的單元格
6.4　其他與因子和錶有關的函數
6.4.1　aggregate()函數
6.4.2　cut()函數
第7章　R語言編程結構
7.1　控製語句
7.1.1　循環
7.1.2　對非嚮量集閤的循環
7.1.3　if-else結構
7.2　算術和邏輯運算符及數值
7.3　參數的默認值
7.4　返迴值
7.4.1　決定是否顯式調用return ()
7.4.2　返迴復雜對象
7.5　函數都是對象
7.6　環境和變量作用域的問題
7.6.1　頂層環境
7.6.2　變量作用域的層次
7.6.3　關於ls()的進一步討論
7.6.4　函數（幾乎）沒有副作用
7.6.5　擴展案例：顯示調用框的函數
7.7　R語言中沒有指針
7.8　嚮上級層次進行寫操作
7.8.1　利用超賦值運算符對非局部變量進行寫操作
7.8.2　用assign()函數對非局部變量進行寫操作
7.8.3　擴展案例：用R語言實現離散事件仿真
7.8.4　什麼時候使用全局變量
7.8.5　閉包
7.9　遞歸
7.9.1　Quicksort的具體實現
7.9.2　拓展舉例：二叉查找樹
7.10　置換函數
7.10.1　什麼是置換函數
7.10.2　擴展案例：可記錄元素修改次數的嚮量類
7.11　寫函數代碼的工具
7.11.1　文本編輯器和集成開發環境
7.11.2　edit()函數
7.12　創建自己的二元運算符
7.13　匿名函數
第8章　數學運算與模擬
8.1　數學函數
8.1.1　擴展例子：計算概率
8.1.2　纍積和與纍積乘積
8.1.3　最小值和最大值
8.1.4　微積分
8.2　統計分布函數
8.3　排序
8.4　嚮量和矩陣的綫性代數運算
8.4.1　擴展示例：嚮量叉積
8.4.2　擴展示例：確定馬爾科夫鏈的平穩分布
8.5　集閤運算
8.6　用R做模擬
8.6.1　內置的隨機變量發生器
8.6.2　重復運行時獲得相同的隨機數流
8.6.3　擴展案例：組閤的模擬
第9章　麵嚮對象的編程
9.1　S3類
9.1.1　S3泛型函數
9.1.2　實例：綫性模型函數lm()中的OOP
9.1.3　尋找泛型函數的實現方法
9.1.4　編寫S3類
9.1.5　使用繼承
9.1.6　擴展示例：用於存儲上三角矩陣的類
9.1.7　擴展示例：多項式迴歸程序
9.2　S4類
9.2.1　編寫S4類
9.2.2　在S4類上實現泛型函數
9.3　S3類和S4類的對比
9.4　對象的管理
9.4.1　用ls()函數列齣所有對象
9.4.2　用rm()函數刪除特定對象
9.4.3　用save()函數保存對象集閤
9.4.4　查看對象內部結構
9.4.5　exists()函數
第10章　輸入與輸齣
10.1　連接鍵盤與顯示器
10.1.1　使用scan()函數
10.1.2　使用readline()函數
10.1.3　輸齣到顯示器
10.2　讀寫文件
10.2.1　從文件中讀取數據框或矩陣
10.2.2　讀取文本文件
10.2.3　連接的介紹
10.2.4　擴展案例：讀取PUMS普查數據
10.2.5　通過URL在遠程計算機上訪問文件
10.2.6　寫文件
10.2.7　獲取文件和目錄信息
10.2.8　擴展案例：多個文件內容的和
10.3　訪問互聯網
10.3.1　TCP/IP概述
10.3.2　R中的socket
10.3.3　擴展案例：實現R的並行計算
第11章　字符串操作
11.1　字符串操作函數概述
11.1.1　grep()
11.1.2　nchar()
11.1.3　paste()
11.1.4　sprintf()
11.1.5　substr()
11.1.6　strsplit()
11.1.7　regexpr()
11.1.8　gregexpr()
11.2　正則錶達式
11.2.1　擴展案例：檢測文件名的後綴
11.2.2　擴展案例：生成文件名
11.3　在調試工具edtdbg中使用字符串工具
第12章　繪圖
12.1　創建圖形
12.1.1　基礎圖形係統的核心：plot()函數
12.1.2　添加綫條：abline()函數
12.1.3　在保持現有圖形的基礎上新增一個繪圖窗口
12.1.4　擴展案例：在一張圖中繪製兩條密度麯綫
12.1.5　擴展案例：進一步考察多項式迴歸
12.1.6　添加點：points()函數
12.1.7　添加圖例：legend()函數
12.1.8　添加文字：text()函數
12.1.9　精確定位：locator()函數
12.1.10　保存圖形
12.2　定製圖形
12.2.1　改變字符大小：cex選項
12.2.2　改變坐標軸的範圍：xlim和ylim選項
12.2.3　添加多邊形：polygon()函數
12.2.4　平滑散點：lowess()和loess()函數
12.2.5　繪製具有顯式錶達式的函數
12.2.6　擴展案例：放大麯綫的一部分
12.3　將圖形保存到文件
12.3.1　R圖形設備
12.3.2　保存已顯示的圖形
12.3.3　關閉R圖形設備
12.4　創建三維圖形
第13章　調試
13.1　調試的基本原則
13.1.1　調試的本質：確認原則
13.1.2　從小處著手
13.1.3　模塊化的、自頂嚮下的調試風格
13.1.4　反漏洞
13.2　為什麼要使用調試工具
13.3　使用R的調試工具
13.3.1　利用debug()和browser()函數進行逐步調試
13.3.2　使用瀏覽器命令
13.3.3　設置斷點
13.3.4　使用trace()函數進行追蹤
13.3.5　使用traceback()和debugger()函數對崩潰的程序進行檢查
13.3.6　擴展案例：兩個完整的調試會話
13.4　更方便的調試工具
13.5　在調試模擬數據的代碼時請確保一緻性
13.6　語法和運行時錯誤
13.7　在R上運行GDB
第14章　性能提升：速度和內存
14.1　編寫快速的R代碼
14.2　可怕的for循環
14.2.1　用嚮量化提升速度
14.2.2　擴展案例：在濛特卡羅模擬中獲得更快的速度
14.2.3　擴展案例：生成冪次矩陣
14.3　函數式編程和內存問題
14.3.1　嚮量賦值問題
14.3.2　改變時拷貝
14.3.3　擴展案例：避免內存拷貝
14.4　利用Rprof()來尋找代碼的瓶頸
14.4.1　利用Rprof()來進行監視
14.4.2　Rprof()的工作原理
14.5　字節碼編譯
14.6　內存無法裝下數據怎麼辦
14.6.1　分塊
14.6.2　利用R軟件包來進行內存管理
第15章　R與其他語言的接口
15.1　編寫能被R調用的C/C++函數
15.1.1　R與C/C++交互的預備知識
15.1.2　例子：提取方陣的次對角綫元素
15.1.3　編譯和運行程序
15.1.4　調試R/C程序
15.1.5　擴展案例：預測離散取值的時間序列
15.2　從Python調用R
15.2.1　安裝RPy
15.2.2　RPy語法
第16章　R語言並行計算
16.1　共同外鏈問題
16.2　snow包簡介
16.2.1　運行snow代碼
16.2.2　分析snow代碼
16.2.3　可以獲得多少倍的加速
16.2.4　擴展案例：K均值聚類
16.3　藉助於C
16.3.1　利用多核機器
16.3.2　擴展案例：利用OpenMP解決共同外鏈問題
16.3.3　運行OpenMP代碼
16.3.4　OpenMP代碼分析
16.3.5　其他OpenMP指令
16.3.6　GPU編程
16.4　普遍的性能考慮
16.4.1　開銷的來源
16.4.2　簡單並行程序，以及那些不簡單的
16.4.3　靜態和動態任務分配
16.4.4　軟件煉金術：將一般的問題轉化為簡單並行問題
16.5　調試R語言並行計算的代碼
附錄A　安裝R
附錄B　安裝和使用包
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