1进化生物学1
什么是进化？1
达尔文之前3
达尔文5
达尔文的进化理论6
哲学问题8
伦理、宗教与进化9
达尔文之后的进化理论10
综合进化论10
进化的基本原则11
综合进化论之后的进化生物学12
如何研究进化13
进化是事实也是理论14
2生命之树：分类和系统发生19
分类20
推断系统发生史24
系统发生树24
用于系统发生推断的数据27
推断系统发生：最大简约法29
DNA序列的简约性分析：一个案例32
系统发生分析的统计学方法34
评估系统发生假说37
分歧时间估计39
基因树和物种树42
水平基因转移42
不完全谱系分选43
系统发生分析的其他事项45
系统发生学的应用和扩展46
3演化式样51
对特征演化历史的推断51
以分类学为依据推测而来的一些演化式样53
生物体的大多数特征都从早先存在的祖先特征演化而来54
同塑性很常见55
特征演化的速率不同59
演化往往逐步进行60
外形改变往往与功能改变相关62
物种之间的相似性随个体发生而改变62
发育和形态演化63
个性化63
异时发生63
异速生长65
异位发生65
复杂度的增加和减少66
系统发生分析揭示了物种演化的趋势67
许多分支都有适应辐射演化的现象69
基因和基因组的演化模式70
趋同演化70
基因组大小71
重复基因与基因组73
4化石记录中的进化77
地质学基础77
板块构造77
地质时期78
地质年代表79
化石记录79
种内的进化改变81
高阶元分类群的起源82
人族化石记录89
系统发生和化石记录94
进化趋势94
间断平衡95
演化速率98
5地球上生命的历史101
生命的历史格局101
生命出现之前101
生命出现102
前寒武纪的生命104
古生代生命：寒武纪大爆发108
古生代生命：奥陶纪至泥盆纪110
海洋生物110
陆地生物111
古生代生命：石炭纪和二叠纪113
陆地生物113
二叠纪末期大灭绝114
中生代生命114
海洋生命116
陆地植物和节肢动物116
脊椎动物118
新生代120
水生生物121
陆地生物121
哺乳动物的适应辐射122
更新世事件124
6演化的地理学131
演化的生物地理学证据131
分布的主要式样133
影响地理分布的历史因素134
检验历史生物地理学的假设137
历史生物地理学的分析举例138
区域性生物群的组成142
谱系地理学142
更新世种群变迁143
现代人起源144
地理分布的界限：生态和演化148
生态位148
范围的局限性：一个演化的问题150
地理分布式样多样性的演化150
群落趋同150
历史对分布式样多样性的影响152
7生物多样性及其进化157
生物多样性变化的估测与建模157
多样性变化速率建模157
化石记录中的多样性159
多样性的系统发生研究160
显生宙内的生物多样性与差异162
生成与灭绝的速率165
随着谱系存续时间的推移，灭绝速率会变化吗？
灭绝的原因167
大灭绝168
多样化过程171
物种的多样性会达到平衡吗？171
为什么某些类型的生物比其他类型更为多样化？
生物特性对分化的影响176
适应辐射177
影响多样性的其他因素179
8遗传变异的起源183
基因和基因组183
突变：概述186
突变的种类187
突变的实例190
突变率191
突变的表型效应195
突变对适合度的影响198
突变的限制200
突变是一种随机过程201
核型的改变202
多倍化203
染色体重排203
9变异：进化的基础211
表型变异的来源212
变异的遗传和环境来源212
非遗传性传承的变异214
了解进化：遗传变异的基本原理216
等位基因和基因型频率：哈迪—温伯格定律217
示例：人类MN基因座218
哈迪一温伯格定律的意义：进化的各种因素220
等位基因、基因型及表型的频率221
近亲交配221
自然种群中的遗传变异：单个基因223
形态和生存力223
近交衰退225
分子水平的遗传变异226
自然种群的遗传变异：多基因座228
连锁和连锁不平衡228
数量性状变异232
种群间变异237
地理变异的模式237
基因流240
种群间等位基因频率的差异241
人类遗传变异241
10遗传漂变：随机进化249
进化中的随机过程249
遗传漂变理论250
遗传漂变即为取样误差250
溯祖251
等位基因频率的随机波动252
遗传漂变下的进化254
有效种群大小255
奠基者效应257
现实种群中的遗传漂变258
分子进化的中性理论260
中性理论的原理261
中性理论所获得的支持263
再论分子钟264
基因流和遗传漂变265
基因树和种群历史267
再论现代智人的起源268
11自然选择和适应273
现实中适应的实例273
自然选择的本质276
设计和机制276
自然选择的定义276
自然选择与偶然性277
实物选择和属性选择278
环境是否有效取决于生物279
自然选择的例子279
演化实验280
雄性生殖成功率281
群选择282
亲缘选择283
自私的遗传元件284
选择的层次285
个体和种群的选择286
物种选择287
适应的本质288
适应的定义288
认识适应289
对适应性演化的观察293
自然选择和适应所不具备的特性295
适应的必然性295
完美296
进步296
自然的和谐与平衡296
道德和伦理297
12自然选择的遗传理论299
适合度300
自然选择的模式300
定义适合度301
适合度的要素302
选择的模式303
定向选择305
天然种群中的有害等位基因308
平衡选择维持的多态性310
杂合子优势311
各种拮抗选择312
依频选择313
进化改变的多重结果317
正向依频选择317
杂合子劣势318
适应景观318
选择和遗传漂变间的相互作用319
自然选择的强度320
自然选择的分子证据322
依据地理变异来检测选择322
选择的检验：种内变异和种间变异323
基于DNA序列来检测选择：理论期望324
选择的分子印记327
人类基因组的适应性进化330
适应性：起因于新变异还是现存变异331
13表型进化335
表型性状的遗传架构335
表型变异的组分338
遗传漂变驱动的数量性状进化341
数量性状的选择342
对定向选择的响应342
对人工选择的响应343
自然种群的方向性选择344
稳定化选择和分裂选择346
数量性状的关联性演化347
关联性选择347
遗传相关348
遗传相关如何影响演化349
遗传学可以预测长期进化吗？350
反应规范352
渠限化352
表型可塑性353
变异性的进化354
适应与制约358
遗传制约与适应358
适应可以拯救物种的灭绝吗？359
14生活史进化365
个体选择和种群选择367
最优表型建模367
作为适合度组分的生活史性状370
生殖力，单次生殖和多次生殖370
年龄结构和生殖成效371
权衡373
生活史性状的演化375
寿命和衰老375
生殖年龄时间表375
后代的数量和大小377
生活史和交配策略379
增长率的演化380
15性与繁殖成效385
突变率的进化385
有性生殖与无性生殖386
性的悖论387
重组和性的利与弊387
性与重组优势的假说389
性别比与性分配392
近交与远交395
性选择的概念396
雄性间和精子间的竞争397
通过配偶选择达到性选择399
配偶选择的直接利益399
没有直接利益的配偶选择400
性选择主题的变化405
16冲突与合作411
冲突建模411
社会交往互动与合作413
没有亲缘关系的个体间的合作414
通过共享基因的利他行为进化417
合作和冲突的舞台：家庭420
交配制度和亲代照料420
杀婴、堕胎、同胞竞争和残杀同胞423
亲子冲突424
真社会性424
亲缘选择还是类群选择？426
遗传冲突427
细胞质遗传427
减数分裂驱动429
分离后致畸者429
转座因子430
亲本基因组间的冲突431
寄生物、共生生物、个体、组织水平431
人类行为与人类社会433
人类行为的进化研究434
文化进化以及基因—文化共进化437
……
17物种443
18物种形成465
19物种间相互作用的进化495
20基因和基因组的进化519
21进化和发育547
22宏进化：物种水平之上的进化585
23演化科学、神创论和社会609
术语汇编635
图片版权说明653
参考文献
索引
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