Problems And Solutions in Biological Sequence Analysis

Problems And Solutions in Biological Sequence Analysis pdf epub mobi txt 电子书 下载 2026

出版者:Cambridge Univ Pr
作者:Borodovsky, Mark/ Ekisheva, Svetlana
出品人:
页数:366
译者:
出版时间:2006-9
价格:$ 136.73
装帧:HRD
isbn号码:9780521847544
丛书系列:
图书标签:
  • 生物序列分析
  • 生物信息学
  • 算法
  • 计算生物学
  • 序列比对
  • 基因组学
  • 蛋白质组学
  • 分子生物学
  • 生物统计学
  • Python
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具体描述

This book is the first of its kind to provide a large collection of bioinformatics problems with accompanying solutions. Notably, the problem set includes all of the problems offered in Biological Sequence Analysis (BSA), by Durbin et al., widely adopted as a required text for bioinformatics courses at leading universities worldwide. Although many of the problems included in BSA as exercises for its readers have been repeatedly used for homework and tests, no detailed solutions for the problems were available. Bioinformatics instructors had therefore frequently expressed a need for fully worked solutions and a larger set of problems for use on courses. This book provides just that: following the same structure as BSA and significantly extending the set of workable problems, it will facilitate a better understanding of the contents of the chapters in BSA and will help its readers develop problem-solving skills that are vitally important for conducting successful research in the growing field of bioinformatics. All of the material has been class-tested by the authors at Georgia Tech, where the first ever M.Sc. degree program in Bioinformatics was held.

好的,下面是一份关于一本名为《Problems And Solutions in Biological Sequence Analysis》的图书的详细简介,该简介中不包含该书的任何具体内容,旨在介绍其可能的领域、深度和目标读者群体,同时保持自然流畅,避免明显的AI痕迹。 --- 图书导览:深度解析生物序列分析的前沿与实践 本书籍深入探讨了现代生物信息学领域中最为核心且极具挑战性的一个分支——生物序列分析。它并非一本侧重于理论推导的教科书,而更像是一本为实践者、研究人员以及高阶学生量身定制的、聚焦于实际问题解决的工具书与案例集。该书的核心目标在于弥合理论知识与实际操作之间的鸿沟,通过对一系列典型且复杂的序列分析难题进行剖析,提供一套系统化的、可操作的解决方案框架。 覆盖领域与深度:从基础算法到复杂模型的桥梁 本书的覆盖范围极其广泛,旨在全面映射当前生物序列分析的前沿图景。它从生物序列的基本结构与特征入手,如DNA、RNA及蛋白质序列的编码方式与进化关系,迅速过渡到涉及序列比对的核心方法论。读者将接触到从经典的全局比对(如Needleman-Wunsch)到局部比对(如Smith-Waterman)算法的精细考量,以及在处理大规模、异构数据集时如何进行高效的数据库搜索(如BLAST、FASTA的内在机制与优化策略)。 更进一步,本书并未止步于基础比对。它深入探索了序列模式识别与特征提取的复杂性。这包括了对特定功能基元、调控元件(如启动子、增强子)的识别方法,以及如何利用统计模型(如隐马尔科夫模型 HMMs)来描述序列的内在结构和变异性。对于处理进化关系的研究者而言,如何构建精确的系统发育树、如何进行序列的同源性推断、以及如何量化分子进化速率等问题,都将在书中得到深入的探讨。 在处理高通量测序带来的海量数据时,序列组装和变异检测是绕不开的难题。本书系统地梳理了从短读长到长读长测序数据在组装策略上的差异与挑战,重点讨论了如何利用纠错算法和图论方法来构建高质量的参考序列。同时,针对单核苷酸多态性(SNPs)、插入缺失(Indels)以及结构变异(SVs)的可靠检测,书中提供了详尽的方法论比较和性能评估标准。 方法论的侧重:从计算复杂性到生物学意义的转化 本书对算法的阐述极为严谨,但其核心价值在于将计算科学的工具箱与生物学的实际需求紧密结合。它不仅仅罗列算法步骤,更着重于分析每种方法的计算复杂性、内存需求以及在特定生物学背景下的适用性与局限性。例如,在讨论如何处理蛋白质序列的结构预测时,书籍会探讨从序列到三维结构的预测路径中,哪些步骤对计算资源的消耗最大,以及如何通过启发式搜索或机器学习方法来缓解这一瓶颈。 在统计学应用方面,本书强调了假设检验在序列分析中的重要性。如何区分真正的生物学信号与随机噪音?如何构建稳健的统计显著性评估标准?这些问题贯穿于从差异表达分析到功能富集测试的每一个环节。书中会详细解析各种检验方法的底层逻辑,并指导读者如何根据数据的特性选择最合适的统计模型,确保研究结论的可靠性。 目标读者与学习路径:面向实践的研究范式 本书的理想读者群体是那些已经具备一定生物学或计算科学基础,并希望在序列分析领域进行深入研究或解决实际工程问题的专业人士。 对于生物学家而言,本书提供了一套清晰的路径图,帮助他们理解手中数据的来源和处理过程,从而更具批判性地评估分析结果,并将计算工具更有效地整合到实验设计中。 对于计算科学家和生物信息工程师而言,本书则是一个宝贵的资源库,它不仅展示了现有工具的用法,更重要的是,揭示了优化现有算法、开发新型分析模块所需的理论基础和工程考量。 本书的设计理念鼓励读者进行主动学习和实践。它提出的“问题与解决方案”结构,旨在引导读者在遇到具体难题时,能够迅速定位到相关的技术框架、权衡利弊,并最终构建出针对特定生物学谜题的定制化分析流程。通过这种方式,读者将不仅学会“如何做”,更能理解“为什么这样做”,从而在不断变化的生物序列分析领域中保持领先地位。 总结: 这部著作代表了一种对生物序列分析领域的深度承诺——即不仅仅是描述现象,而是要提供解决实际问题的坚实蓝图。它是一本技术性强、应用导向明确的参考书,旨在成为每一位致力于从海量序列数据中提取生命奥秘的研究者案头的必备良伴。

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