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出版者:Academic Pr

作者:Fauquet, C. M. (EDT)/ Mayo, Mary Ann (EDT)/ Maniloff, J. (EDT)/ Desselberger, U. (EDT)/ Ball, L. A.

出品人:

页数:1162

译者:

出版时间:2005-2

价格:$ 305.10

装帧:HRD

isbn号码:9780122499517

丛书系列:

图书标签:

病毒学
病毒分类
病毒命名字体
生物分类学
医学微生物学
病毒基因组
病毒进化
公共卫生
分子生物学
病毒病

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具体描述

This is the standard and definitive reference for virus taxonomy, generated by the ICTV approximately every 3 years. The VIII ICTV "Virus Taxonomy" Report provides information on 3 orders of viruses, 73 families, 9 subfamilies, 287 genera and 1938 virus species, illustrated by more than 429 pictures and diagrams, most of them in color. It is the standard official ITCV reference for virus taxonomy and nomenclature, compiling data from 500 international experts. It covers over 6000 recognized viruses, organized by family with diagrams of genome organization and virus replication cycle. It provides data on the phylogenic relationships between viruses belonging to the same or different taxanomy and now includes information about the qualitative and quantitative relationships between virus sequences.

好的，这是一份关于一本名为《病毒分类学》的虚构书籍的详细简介，内容完全基于“病毒分类学”这个主题进行扩展和深化，但不涉及任何实际或已出版的《病毒分类学》书籍的具体内容或结构。 --- 《生命微粒的谱系：病毒分类学原理与实践》内容概要：《生命微粒的谱系：病毒分类学原理与实践》是一部深度剖析病毒世界复杂性和动态性的权威性专著。本书超越了传统病原体图谱的范畴，致力于构建一个跨越生命域（Domain of Life）界限的、具备高度预测性和自洽性的病毒分类框架。本书的核心论点在于：病毒的分类，必须回归到其遗传物质的复制策略、衣壳组装机制以及与宿主细胞的特异性相互作用上，而非仅仅依赖于宿主物种或致病性。全书共分为六大部分，涵盖了从基础的形态学描述到前沿的基因组学分析，再到对病毒演化历史的宏观重建。它不仅为专业病毒学家和微生物生态学家提供了坚实的理论基础，也为生物信息学、公共卫生以及新发传染病研究人员提供了必备的参考工具。第一部分：分类学的基石——病毒的界定与历史演进本部分首先确立了病毒作为“非细胞生命实体”的界定标准，探讨了什么是病毒的本质属性，以及它们在生命起源树中的独特位置。形态学与结构：详细考察了病毒颗粒（Virion）的构成要素，包括核酸类型、衣壳（Capsid）对称性（如二十面体、螺旋形、复合型）以及是否具有包膜。我们利用高分辨率冷冻电镜（Cryo-EM）数据，对主要的结构蛋白域如何自组装形成稳定的纳米机器进行了细致的解构与图示。重点讨论了结构保守性在分类学中的权重。历史回顾：追溯了早期分类尝试，如巴斯德（Pasteur）和伊万诺夫斯基（Ivanovsky）的工作，到20世纪中叶的巴尔的摩分类系统（Baltimore Classification）的出现。本书批判性地评估了这些早期系统在面对新兴病毒（如巨型病毒）时的局限性，并提出了一个更具包容性的初始划分标准。第二部分：遗传物质的维度——巴尔的摩系统的深化与扩展巴尔的摩分类法是现代病毒学的基石，本书用超过三百页的篇幅，对其进行了深入的挖掘和修正。核酸分类的精微：本部分细致区分了七大类（dsDNA, ssDNA, dsRNA, (+)ssRNA, (-)ssRNA, RNA逆转录病毒, DNA逆转录病毒）的复制通路。我们引入了“初级聚合酶依赖性”的概念，用以评估病毒对宿主细胞因子依赖程度，以此作为划分亚类的关键指标。逆转录现象的谱系：专门章节探讨了逆转录病毒（Retroviruses）与类病毒（Pararetroviruses）的演化关系，并聚焦于逆转录酶（RT）的分子多样性，阐明了不同RT结构如何影响基因组整合的特异性。未被充分利用的基因组特征：强调了非编码区（Non-coding Regions）和基因组组织模式（如分段性、环状、线状）在区分病毒目和科时的重要性，超越了单纯的核酸极性判断。第三部分：复制的交响曲——分子机制驱动的分类本书认为，病毒的分类必须基于其在宿主细胞内执行生命周期（从吸附到释放）的关键酶和分子事件。跨界复制策略（Cross-Kingdom Replication）：探讨了那些能够在不同生命域（如细菌、古菌、真核生物）间跳跃的病毒。重点分析了转录调控网络的差异，例如，哪些病毒依赖于细胞核孔复合体（NPC），哪些则完全在细胞质中完成所有过程。衣壳组装动力学：这是一个基于物理化学的分类维度。我们引入了“自组装驱动力模型”，通过计算衣壳蛋白之间的相互作用能，预测不同病毒科的成熟速度和稳定性。例如，哪些病毒的组装是高度依赖ATP水解的，哪些则能被动形成。宿主因子劫持谱：系统性地梳理了不同病毒科对宿主关键因子（如核糖体、RNA聚合酶II、脂质囊泡）的劫持机制，认为这些高度特化的分子接口是定义科级以上分类单位的稳固证据。第四部分：病毒生态学与分类的动态平衡现代病毒学已不再是静态的“列表”，而是动态的“生态系统”。本部分聚焦于病毒在自然界中的分布、变异与进化压力。地理分布与生态位：建立了一个基于环境参数（温度、盐度、pH值）和宿主丰度的“环境适应性矩阵”，用以预测潜在的病毒多样性热点。趋同进化与趋异演化：详细分析了在不同宿主群体中独立演化出的具有相似形态或功能（如刺突蛋白）的病毒簇，区分了真正的同源关系与功能性趋同。本书提出了“功能等效分歧度（FAD）”作为衡量不同病毒谱系间进化距离的新指标。噬菌体分类的挑战：鉴于噬菌体占据了绝大多数的病毒多样性，本书专门提出了针对原噬菌体（Prophages）和特提噬菌体（Temperate Phages）的鉴别流程，强调了整合酶与裂解酶家族的多样性在分类中的核心作用。第五部分：基因组学：分类的现代透镜本部分集中于利用高通量测序数据和生物信息学工具，对病毒进行前所未有的精细分类。序列比对的局限与革新：讨论了传统的多序列比对（MSA）在面对高度分歧的病毒时如何失效，并介绍了基于All-Against-All的蛋白质结构域比对方法（如HMMer和CD-Search的应用）。新型分类单元的提出：引入了“病毒域（Viral Domain）”的概念，这是一个低于“界”但高于“目”的单元，主要基于共同的核心基因集（Core Gene Set）和独特的复制子（Replicase）家族。计算拓扑学在系统发育中的应用：利用最大似然法和贝叶斯推断，构建了复杂的病毒系统发育树，并特别关注了基因水平转移（Horizontal Gene Transfer, HGT）事件在重塑病毒谱系中的影响。第六部分：新边疆：巨型病毒与类病毒（Viroidea）最后，本书探讨了挑战传统病毒学定义的异常实体。巨型病毒（Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses, NCLDVs）：重点解析了Mimivirus、Pandoravirus等展现出“类细胞特征”的实体。本书认为，它们的基因组复杂性要求对基因同源性的定义进行拓宽，并提出了一个基于“细胞核糖体相关蛋白”演化轨迹的分类假设。类病毒与卫星病毒：深入研究了依赖辅助病毒才能复制的卫星病毒（Satellite Viruses）以及不编码任何蛋白的类病毒（Viroids）。本书将它们视为遗传信息传播的极端简化形式，并提出了一个“信息熵最小化原则”来对这些实体进行定位。 --- 目标读者：病毒学家、分子生物学家、生物信息学研究人员、传染病流行病学家、微生物生态学研究生。本书的独特价值在于：它提供了一个统一的、跨越传统界限的、以分子机制为核心驱动力的病毒分类哲学，旨在应对未来发现的、可能颠覆现有认知的全新病毒实体。