《知识经济社会中的价值分配和经济运行》由导论和上中下三篇构成。导论部分阐述了研究知识经济条件下的价值、分配和经济运行的目的，一是要在知识经济的新形势下创新和发展马克思主义经济学，二是要用马克思主义经济学指导我国创新型国家建设的实践。

上篇是知识经济篇，分析了知识经济时代与工业经济时代、农业经济时代在生产方式、生产力标志、科学技术发展层次等方面的区别，阐明了知识经济时代的生产方式特征、知识生产力的特点及生产力和生产关系的新变化。说明了知识经济是一个崭新的社会经济时代。

中篇是价值和价值分配篇，本篇首先从正确理解马克思的劳动概念出发，重申了总体工人概念，强调了社会劳动创造价值，明确了在社会分工序列中的所有劳动都是创造价值的劳动，批判了部分政治经济学教科书把创造价值的劳动仅仅归结为直接生产领域的体力劳动的错误观点，阐明了直接生产领域和非直接生产领域的脑力劳动和体力劳动都是凝结价值的社会劳动的组成部分，从而厘清科学研究、技术发明、知识传授、管理咨询等智力劳动也是创造价值的生产劳动这一事实。在此基础上，联系知识经济的产业特征，提出了智力劳动价值论，批判了知识价值论替代劳动价值论的错误倾向，从知识商品生产过程中的具体劳动和抽象劳动、知识商品的价值和使用价值的区分，证明了在知识商品生产中创造价值的是智力劳动而不是知识，知识作为智力劳动的产物，在被应用到生产过程中时能创造出更多高质量的使用价值，形成更多的社会财富，但它没有创造价值，仅仅是转移了自身的价值。创造价值的只是创造知识、运用知识的智力劳动和其他配套劳动。智力劳动价值论阐述了智力劳动在知识生产和知识运用及在社会价值和社会财富创造中的重要作用，证明了智力劳动是知识经济的主导性生产要素和中心生产要素，从而在价值分配中智力劳动要素应占有纯剩余。在价值分配理论的论述中对“知识资本”（知本）概念提出了质疑，认为知本相当于物质资本中的不变资本，它占有剩余是不合适的，智力劳动要素是创造价值的可变要素，所以应该建立“智本”范畴才是科学的。在分配理论中还论述了智本占有剩余的正义分配性。

下篇是知识经济运行篇，在对知识的生产、传播和运用的一般生产过程考察的基础上，分别对知识经济的创新研究和组织结构、知识经济中的企业组织和经营方式、知识经济中的激励方式进行了研究。知识经济中最根本的是知识生产，而知识生产就是不断地创新，从而得出了创新是知识经济的根本推动力的结论；创新需要一定的组织机构，本篇中提出了组建学科性公司，构建产学研结合的创新微观组织的观点；创新需要实践，创新成果需要运用，来改造我国的传统产业，适应知识经济发展，提高企业的运营效率。本篇中提出了精功拟合、互联经营的企业组织和经营方式；创新需要激励，本篇在分析了知识型劳动者的特点和各创新主体之间的关系后，强调了创新激励方式的重要性，提出以“人本激励”作为知识经济运行的主要激励机制的观点。