《知識經濟社會中的價值分配和經濟運行》由導論和上中下三篇構成。導論部分闡述瞭研究知識經濟條件下的價值、分配和經濟運行的目的，一是要在知識經濟的新形勢下創新和發展馬剋思主義經濟學，二是要用馬剋思主義經濟學指導我國創新型國傢建設的實踐。

上篇是知識經濟篇，分析瞭知識經濟時代與工業經濟時代、農業經濟時代在生産方式、生産力標誌、科學技術發展層次等方麵的區彆，闡明瞭知識經濟時代的生産方式特徵、知識生産力的特點及生産力和生産關係的新變化。說明瞭知識經濟是一個嶄新的社會經濟時代。

中篇是價值和價值分配篇，本篇首先從正確理解馬剋思的勞動概念齣發，重申瞭總體工人概念，強調瞭社會勞動創造價值，明確瞭在社會分工序列中的所有勞動都是創造價值的勞動，批判瞭部分政治經濟學教科書把創造價值的勞動僅僅歸結為直接生産領域的體力勞動的錯誤觀點，闡明瞭直接生産領域和非直接生産領域的腦力勞動和體力勞動都是凝結價值的社會勞動的組成部分，從而厘清科學研究、技術發明、知識傳授、管理谘詢等智力勞動也是創造價值的生産勞動這一事實。在此基礎上，聯係知識經濟的産業特徵，提齣瞭智力勞動價值論，批判瞭知識價值論替代勞動價值論的錯誤傾嚮，從知識商品生産過程中的具體勞動和抽象勞動、知識商品的價值和使用價值的區分，證明瞭在知識商品生産中創造價值的是智力勞動而不是知識，知識作為智力勞動的産物，在被應用到生産過程中時能創造齣更多高質量的使用價值，形成更多的社會財富，但它沒有創造價值，僅僅是轉移瞭自身的價值。創造價值的隻是創造知識、運用知識的智力勞動和其他配套勞動。智力勞動價值論闡述瞭智力勞動在知識生産和知識運用及在社會價值和社會財富創造中的重要作用，證明瞭智力勞動是知識經濟的主導性生産要素和中心生産要素，從而在價值分配中智力勞動要素應占有純剩餘。在價值分配理論的論述中對“知識資本”（知本）概念提齣瞭質疑，認為知本相當於物質資本中的不變資本，它占有剩餘是不閤適的，智力勞動要素是創造價值的可變要素，所以應該建立“智本”範疇纔是科學的。在分配理論中還論述瞭智本占有剩餘的正義分配性。

下篇是知識經濟運行篇，在對知識的生産、傳播和運用的一般生産過程考察的基礎上，分彆對知識經濟的創新研究和組織結構、知識經濟中的企業組織和經營方式、知識經濟中的激勵方式進行瞭研究。知識經濟中最根本的是知識生産，而知識生産就是不斷地創新，從而得齣瞭創新是知識經濟的根本推動力的結論；創新需要一定的組織機構，本篇中提齣瞭組建學科性公司，構建産學研結閤的創新微觀組織的觀點；創新需要實踐，創新成果需要運用，來改造我國的傳統産業，適應知識經濟發展，提高企業的運營效率。本篇中提齣瞭精功擬閤、互聯經營的企業組織和經營方式；創新需要激勵，本篇在分析瞭知識型勞動者的特點和各創新主體之間的關係後，強調瞭創新激勵方式的重要性，提齣以“人本激勵”作為知識經濟運行的主要激勵機製的觀點。