公元1578年（明万历六年），李时珍历尽艰辛，经过三次大规模的修改易稿，终于完成了他伟大的东方医药巨典《本草纲目》。为了使这部医药巨典达到济世医人的目的，他要把这些具有实用价值的医药知识，尽快地传播给广大的人民群众，而不是在书著成之后“束之高阁，传于后世”。所以，此时出版刊行问题，对于年过花甲的李氏来说，已是当务之急。李氏因自己仅是一个靠行医维持生计的人，在蕲州、黄州，以及武昌等地依靠个人的力量根本无法出版这部宏篇巨著，故决定到南京谋求解决这个问题。尽管他已年迈体衰，仍于公元1580年（明万历八年）携徒庞宪由家乡雨湖出发，顺江直下金陵。

金陵即南京，明初曾为国都，是文人荟萃、五方杂居之地，明统治者建立了封建王朝之后，采取了“自力建国”的方针，鼓励人民发展生产，农业的快速发展促进了社会经济的改变，工商业各界出现了繁荣的局面。明代的造纸业和印刷业已有了很大的发展，活字印刷得到广泛应用与流行，很多富裕的书商多采用铜活字印刷出版各种书籍，此时的金陵已成为全国的出版业中心，又是书商云集之地。所以李氏选择金陵印刷出版《本草纲目》有其深刻的历史渊源与社会背景。可是，由于当时大部分的书商都热衷于刻印“程朱理学”等封建道德纲常方面的娱己之作，对李氏这部济世医人的不朽名著置若罔闻，普遍缺乏正确的认识。因此，尽管李氏游历金陵多年，始终未能联系到一个合适的书坊合作，致使《本草纲目》的出版工作被迫停滞下来。

在江南一带的考察生活使李时珍在思想上产生了极大的变化，受到了新的启示。此时书虽未刻成，但他毫不气馁，反而意志弥坚，利用这次机会，为进一步补充和完善《本草纲目》而“远穷僻壤之产，险探仙麓之华”，他在江阴亲见一人服河豚子中毒身亡，故在《卷四十四河豚》中载曰：“余在江阴，亲见一儒者，服此丧命，河豚子必不可食，曾以水浸之，一夜大如芡实也……”为了辨察蕲蛇的真伪，他不仅多次登临蕲州城北龙峰山，还亲赴江南兴国州考察，写出了那烩炙人口的《蕲蛇传》，栩栩如生地描绘了蕲蛇的形态特征，指出了鉴别真伪的要点：“蛇死皆闭，惟蕲州花蛇目开。”（《卷四十三白花蛇》）若非实地考察，岂能有如此真知灼见。他在金陵不仅看到了许多刚刚流行起来的名贵药材，如“山漆”，并且有机会和泉州一带的舶商广泛接触，从他们那里深入了解和考察到一批海外药材及其边远少数民族药材的状况。如“山漆”始载于《本草纲目草部》，其“发明”项下载：“此药近时始出，南人军中用为金疮要药，云有奇功……”李氏在《卷二十六茴香》中载：“自番舶来者，实大如柏实……俗称舶茴香……形色与中国茴香迥别，但气味同尔。北人得之，咀嚼解酒。”从上述药物的搜集记载中可以看出，李氏在金陵考察期间和各少数民族的贸易商人以及海外舶商有着密切的交往。像山奈、蔓陀罗、月季花、阿芙蓉、炉甘石、番木鳖等，都是此时期经过考察新增的品种，极大地丰富了我国的药学宝库。明永乐年间，郑和七下西洋，所到国家和地区已有三十多个，国际交往盛况空前。郑和所带回并栽种的一些名贵药材（据买欢《瀛涯胜览》），为李氏的研究工作提供了宝贵的基原鉴定材料。《本草纲目》中介绍国外药物的章节内容充实丰富，与他在金陵的考察活动关系密切。尽管《本草纲目》此时已著述完结，但他仍在以后的数年中，继续为增补和修正该书的内容付出了全部的精力，直到临终前仍笔耕不止，真是一息尚存，奋斗不已。

李氏在不懈努力完备《本草纲目》的同时，仍不停地为出版刊行事宜四处奔波，他于明万历八年九月九日专程赴江苏太仓龛山园拜访了明代著名文学家王世贞。此时正值王氏免职居家，二人相见恨晚，促膝长谈数日不休。李氏独特而精辟的见解，老骥伏枥，壮心不已的进取精神，使这位文学博览家十分敬佩，王即席称赞李时珍为当世之“北斗以南一人。”在详细拜读《本草纲目》之后，更加赞叹不已，并欣然为之作序。序中评价曰：“兹岂仅以医书觏哉?实性理之精微、植物之通典、帝王之秘录、臣民之重宝也。”历史检验证明，这篇杰出的序言对于该书的评价恰如其分，为金陵版《本草纲目》的出版增添了浓墨重彩的一笔。

精诚所至, 金石为开。李氏几经周折，终于在万历十八年（公元1590年）联系到金陵书商胡承龙，胡拜读过《本草纲目》手本之后，认为这是一部很有收藏价值的杰出之作，决定出资刻印。

公元1590年（万历十八年），此时李氏已年届古稀，终因积劳成疾，老病交加，从金陵回到故乡蕲州，刻印之事交由长子建中代办。李氏虽已长期卧病在床，但仍然于病榻之上指导刊校工作，提出修改意见，金陵版《本草纲目》精良的刊校质量反映出李氏严谨的治学精神，《卷一中》“脏腑虚实校本用药式”各条，为“有余泻之”、“不足补之”、“本热寒之”、“标热发之”各项条名，均用墨围横刻于该条之上，颇为醒目，这些都体现了李氏在出版规格方面的严格要求。明万历二十一年（公元1593年）该书正式在南京甫将刊行，三年后（公元1596年）正式首刻问世，很快就风行全国，成为社会各阶层的必藏之书。明清以降乃至当今，影响深远，备受欢迎。

金陵版《本草纲目》问世以后，在其影响下，明清两代研究本草的风气盛行。这一时期着重于整理和总结金元以来对药理机制和临床运用的成果，涌现了一批以《本草纲目》为资料主体，选药精当，切合实用的本草学著作，且大部分著作载药、载图、载方相结合，形成了这一时期本草学的特点。其中最能反映时代新进展的是赵学敏的《本草纲目拾遗》和吴其浚的《植物名实图考》。这两部著作补充了《本草纲目》未收载的药物，并扩充了它的内容。由于受《本草纲目》的影响，后世本草学家汲取了金元时期诸家对药理研究的新成就，从气味厚薄、阴阳升降、脏腑经络等方面的理论来阐发药物功用，从古辞涵义的药理解释，而转向现实临床运用研究。《本草纲目》金陵版的出现，以及后续本草学研究的一派繁荣景象，标志着自李氏开始，本草这门学科在内容、形式、数量、质量等方面都有了飞跃发展，并日趋成熟。它不仅指导了当时的医药实践，还指导着今天的医药实践，它所载的药、方，至今仍被医药界广泛应用。其中许多方、药已被现代科学所验证。在《本草纲目》的启示下，当今中草药研究的品种在增加，科研领域在扩大，并开辟了诸如生药、药化、药理等方面的研究。现代中药研究工作者，常把《本草纲目》作为必查的文献资料，很多新药和药源是从该著中发掘出来的。据有关资料考证，该著中大约60%的植物药进行过现代研究。该著的问世，引起了后世植物学家、生物学家、动物学家、矿物地质学家、化学家，乃至哲学家、史学家、思想家、文学家的极大兴趣，纷纷涉足其中，探金寻宝。一部《本草纲目》为什么具有这么大的生命力?影响这么深远？关键在于它不仅深刻地揭示了“本草”以及自然界其他领域的规律和本质，正确预示了它的未来，而且在不断地为人们的实践所验证。因此它被誉为“中国古代百科全书”。

金陵版较为符合李氏原作的面貌，是《本草纲目》最早、最珍贵的版本。据查证资料表明，现存世之版本共7部，其中5部收藏于国外，国内仅有2部，分别藏于北京的中国中医科学院图书馆及上海科学技术出版社。金陵版《本草纲目》的历史价值及其科技学术价值无可估量。各国都把它奉为“经典”藏在国家重要的图书馆内，并以藏有金陵版《本草纲目》而自豪，尤其是德国柏林皇家图书馆以及美国国会图书馆收藏的日本学者森立之批改过的“金陵本”更为珍贵。这是中医学的骄傲，也是中华民族的骄傲。

《本草纲目》问世后不久，随着商业贸易以及来华学者或传教士的往来，先后流传到日本、朝鲜和西欧各国，并相继被译成朝、日、英、法、德、俄、拉丁等多种文字。它的东被和西渐，对世界药物学的发展产生了深远影响。它能被国外名流追逐几个世纪而爱莫能舍，主要在于它里面包含着取之不竭的精华和智慧，在于它揭示了自然界的科学规律及其本质，它将在世界科学史上永放光辉。