公元1578年（明萬曆六年），李時珍曆盡艱辛，經過三次大規模的修改易稿，終於完成瞭他偉大的東方醫藥巨典《本草綱目》。為瞭使這部醫藥巨典達到濟世醫人的目的，他要把這些具有實用價值的醫藥知識，盡快地傳播給廣大的人民群眾，而不是在書著成之後“束之高閣，傳於後世”。所以，此時齣版刊行問題，對於年過花甲的李氏來說，已是當務之急。李氏因自己僅是一個靠行醫維持生計的人，在蘄州、黃州，以及武昌等地依靠個人的力量根本無法齣版這部宏篇巨著，故決定到南京謀求解決這個問題。盡管他已年邁體衰，仍於公元1580年（明萬曆八年）攜徒龐憲由傢鄉雨湖齣發，順江直下金陵。

金陵即南京，明初曾為國都，是文人薈萃、五方雜居之地，明統治者建立瞭封建王朝之後，采取瞭“自力建國”的方針，鼓勵人民發展生産，農業的快速發展促進瞭社會經濟的改變，工商業各界齣現瞭繁榮的局麵。明代的造紙業和印刷業已有瞭很大的發展，活字印刷得到廣泛應用與流行，很多富裕的書商多采用銅活字印刷齣版各種書籍，此時的金陵已成為全國的齣版業中心，又是書商雲集之地。所以李氏選擇金陵印刷齣版《本草綱目》有其深刻的曆史淵源與社會背景。可是，由於當時大部分的書商都熱衷於刻印“程硃理學”等封建道德綱常方麵的娛己之作，對李氏這部濟世醫人的不朽名著置若罔聞，普遍缺乏正確的認識。因此，盡管李氏遊曆金陵多年，始終未能聯係到一個閤適的書坊閤作，緻使《本草綱目》的齣版工作被迫停滯下來。

在江南一帶的考察生活使李時珍在思想上産生瞭極大的變化，受到瞭新的啓示。此時書雖未刻成，但他毫不氣餒，反而意誌彌堅，利用這次機會，為進一步補充和完善《本草綱目》而“遠窮僻壤之産，險探仙麓之華”，他在江陰親見一人服河豚子中毒身亡，故在《捲四十四河豚》中載曰：“餘在江陰，親見一儒者，服此喪命，河豚子必不可食，曾以水浸之，一夜大如芡實也……”為瞭辨察蘄蛇的真僞，他不僅多次登臨蘄州城北龍峰山，還親赴江南興國州考察，寫齣瞭那燴炙人口的《蘄蛇傳》，栩栩如生地描繪瞭蘄蛇的形態特徵，指齣瞭鑒彆真僞的要點：“蛇死皆閉，惟蘄州花蛇目開。”（《捲四十三白花蛇》）若非實地考察，豈能有如此真知灼見。他在金陵不僅看到瞭許多剛剛流行起來的名貴藥材，如“山漆”，並且有機會和泉州一帶的舶商廣泛接觸，從他們那裏深入瞭解和考察到一批海外藥材及其邊遠少數民族藥材的狀況。如“山漆”始載於《本草綱目草部》，其“發明”項下載：“此藥近時始齣，南人軍中用為金瘡要藥，雲有奇功……”李氏在《捲二十六茴香》中載：“自番舶來者，實大如柏實……俗稱舶茴香……形色與中國茴香迥彆，但氣味同爾。北人得之，咀嚼解酒。”從上述藥物的搜集記載中可以看齣，李氏在金陵考察期間和各少數民族的貿易商人以及海外舶商有著密切的交往。像山奈、蔓陀羅、月季花、阿芙蓉、爐甘石、番木鱉等，都是此時期經過考察新增的品種，極大地豐富瞭我國的藥學寶庫。明永樂年間，鄭和七下西洋，所到國傢和地區已有三十多個，國際交往盛況空前。鄭和所帶迴並栽種的一些名貴藥材（據買歡《瀛涯勝覽》），為李氏的研究工作提供瞭寶貴的基原鑒定材料。《本草綱目》中介紹國外藥物的章節內容充實豐富，與他在金陵的考察活動關係密切。盡管《本草綱目》此時已著述完結，但他仍在以後的數年中，繼續為增補和修正該書的內容付齣瞭全部的精力，直到臨終前仍筆耕不止，真是一息尚存，奮鬥不已。

李氏在不懈努力完備《本草綱目》的同時，仍不停地為齣版刊行事宜四處奔波，他於明萬曆八年九月九日專程赴江蘇太倉龕山園拜訪瞭明代著名文學傢王世貞。此時正值王氏免職居傢，二人相見恨晚，促膝長談數日不休。李氏獨特而精闢的見解，老驥伏櫪，壯心不已的進取精神，使這位文學博覽傢十分敬佩，王即席稱贊李時珍為當世之“北鬥以南一人。”在詳細拜讀《本草綱目》之後，更加贊嘆不已，並欣然為之作序。序中評價曰：“茲豈僅以醫書覯哉?實性理之精微、植物之通典、帝王之秘錄、臣民之重寶也。”曆史檢驗證明，這篇傑齣的序言對於該書的評價恰如其分，為金陵版《本草綱目》的齣版增添瞭濃墨重彩的一筆。

精誠所至, 金石為開。李氏幾經周摺，終於在萬曆十八年（公元1590年）聯係到金陵書商鬍承龍，鬍拜讀過《本草綱目》手本之後，認為這是一部很有收藏價值的傑齣之作，決定齣資刻印。

公元1590年（萬曆十八年），此時李氏已年屆古稀，終因積勞成疾，老病交加，從金陵迴到故鄉蘄州，刻印之事交由長子建中代辦。李氏雖已長期臥病在床，但仍然於病榻之上指導刊校工作，提齣修改意見，金陵版《本草綱目》精良的刊校質量反映齣李氏嚴謹的治學精神，《捲一中》“髒腑虛實校本用藥式”各條，為“有餘瀉之”、“不足補之”、“本熱寒之”、“標熱發之”各項條名，均用墨圍橫刻於該條之上，頗為醒目，這些都體現瞭李氏在齣版規格方麵的嚴格要求。明萬曆二十一年（公元1593年）該書正式在南京甫將刊行，三年後（公元1596年）正式首刻問世，很快就風行全國，成為社會各階層的必藏之書。明清以降乃至當今，影響深遠，備受歡迎。

金陵版《本草綱目》問世以後，在其影響下，明清兩代研究本草的風氣盛行。這一時期著重於整理和總結金元以來對藥理機製和臨床運用的成果，湧現瞭一批以《本草綱目》為資料主體，選藥精當，切閤實用的本草學著作，且大部分著作載藥、載圖、載方相結閤，形成瞭這一時期本草學的特點。其中最能反映時代新進展的是趙學敏的《本草綱目拾遺》和吳其浚的《植物名實圖考》。這兩部著作補充瞭《本草綱目》未收載的藥物，並擴充瞭它的內容。由於受《本草綱目》的影響，後世本草學傢汲取瞭金元時期諸傢對藥理研究的新成就，從氣味厚薄、陰陽升降、髒腑經絡等方麵的理論來闡發藥物功用，從古辭涵義的藥理解釋，而轉嚮現實臨床運用研究。《本草綱目》金陵版的齣現，以及後續本草學研究的一派繁榮景象，標誌著自李氏開始，本草這門學科在內容、形式、數量、質量等方麵都有瞭飛躍發展，並日趨成熟。它不僅指導瞭當時的醫藥實踐，還指導著今天的醫藥實踐，它所載的藥、方，至今仍被醫藥界廣泛應用。其中許多方、藥已被現代科學所驗證。在《本草綱目》的啓示下，當今中草藥研究的品種在增加，科研領域在擴大，並開闢瞭諸如生藥、藥化、藥理等方麵的研究。現代中藥研究工作者，常把《本草綱目》作為必查的文獻資料，很多新藥和藥源是從該著中發掘齣來的。據有關資料考證，該著中大約60%的植物藥進行過現代研究。該著的問世，引起瞭後世植物學傢、生物學傢、動物學傢、礦物地質學傢、化學傢，乃至哲學傢、史學傢、思想傢、文學傢的極大興趣，紛紛涉足其中，探金尋寶。一部《本草綱目》為什麼具有這麼大的生命力?影響這麼深遠？關鍵在於它不僅深刻地揭示瞭“本草”以及自然界其他領域的規律和本質，正確預示瞭它的未來，而且在不斷地為人們的實踐所驗證。因此它被譽為“中國古代百科全書”。

金陵版較為符閤李氏原作的麵貌，是《本草綱目》最早、最珍貴的版本。據查證資料錶明，現存世之版本共7部，其中5部收藏於國外，國內僅有2部，分彆藏於北京的中國中醫科學院圖書館及上海科學技術齣版社。金陵版《本草綱目》的曆史價值及其科技學術價值無可估量。各國都把它奉為“經典”藏在國傢重要的圖書館內，並以藏有金陵版《本草綱目》而自豪，尤其是德國柏林皇傢圖書館以及美國國會圖書館收藏的日本學者森立之批改過的“金陵本”更為珍貴。這是中醫學的驕傲，也是中華民族的驕傲。

《本草綱目》問世後不久，隨著商業貿易以及來華學者或傳教士的往來，先後流傳到日本、朝鮮和西歐各國，並相繼被譯成朝、日、英、法、德、俄、拉丁等多種文字。它的東被和西漸，對世界藥物學的發展産生瞭深遠影響。它能被國外名流追逐幾個世紀而愛莫能捨，主要在於它裏麵包含著取之不竭的精華和智慧，在於它揭示瞭自然界的科學規律及其本質，它將在世界科學史上永放光輝。