Handbook of Biochemical Kinetics

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出版者:
作者:Purich, Daniel L./ Allison, R. Donald
出品人:
页数:788
译者:
出版时间:1999-10
价格:$ 310.75
装帧:
isbn号码:9780125680486
丛书系列:
图书标签:
  • Biochemical Kinetics
  • Enzyme Kinetics
  • Chemical Kinetics
  • Biochemistry
  • Molecular Biology
  • Systems Biology
  • Mathematical Biology
  • Computational Biology
  • Reaction Mechanisms
  • Thermodynamics
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具体描述

Biochemical kinetics refers to the rate at which a reaction takes place. Kinetic mechanisms have played a major role in defining the metabolic pathways, the mechanistic action of enzymes, and even the processing of genetic material. "The Handbook of Biochemical Kinetics" provides the 'underlying scaffolding' of logic for kinetic approaches to distinguish rival models or mechanisms. The handbook also comments on techniques and their likely limitations and pitfalls, as well as derivations of fundamental rate equations that characterize biochemical processes. This book contains over 750 pages devoted to theory and techniques for studying enzymic and metabolic processes, and over 1,500 definitions of kinetic and mechanistic terminology, with key references. It offers practical advice on experimental design of kinetic experiments. It features extended step-by-step methods for deriving rate equations. It includes over 1,000 enzymes, complete with EC numbers, reactions catalyzed, and references to reviews and/or assay methods, and over 5,000 selected references to kinetic methods appearing in the "Methods in Enzymology" series. There is a 72-page Word finder that allows the reader to search by keywords. This book features summaries of mechanistic studies on key enzymes and protein systems. It includes over 250 diagrams, figures, tables, and structures.

现代蛋白质组学:从结构到功能与疾病的全面解析 本书聚焦于当前生命科学研究中最前沿和最具活力的领域之一——现代蛋白质组学。 随着基因组学和转录组学研究的深入,人们越来越认识到蛋白质才是生命活动的主导者和执行者。本书旨在为生物化学、分子生物学、生物信息学以及生物医学工程等领域的学生、研究人员和专业人士提供一个全面、深入且与时俱进的知识体系,涵盖从蛋白质的发现、结构解析、功能阐明到其在复杂生理和病理过程中的调控网络。 第一部分:蛋白质组学基础与技术前沿 第一章:蛋白质组学的概念与历史演进 本章追溯了蛋白质研究从早期分离纯化到高通量组学时代的演变历程。详细阐述了“蛋白质组”(Proteome)的定义、动态特性(如修饰、定位和相互作用的瞬时性),并区分了蛋白质组学与传统的蛋白质生化研究范式。重点探讨了蛋白质组学在系统生物学框架中所扮演的核心角色,及其如何弥补基因组学研究在阐明生命活动复杂性上的不足。 第二章:蛋白质分离与表征的高级技术 精准的分离和检测是蛋白质组学成功的基石。本章深入剖析了当前最先进的分离技术,包括: 二维电泳(2DE)的优化与局限性: 探讨了等电聚焦(IEF)和梯度凝胶电泳的最新改进,以及如何应对膜蛋白和低丰度蛋白质的分离难题。 色谱技术在蛋白质组中的应用: 详细介绍了高分辨率液相色谱(HPLC)、亲和层析、离子交换层析在蛋白质组样本制备中的关键作用。特别关注了超高效液相色谱(UHPLC)在提高分离效率和通量方面的突破。 目标性与非目标性蛋白质组学策略: 对比了数据依赖性采集(DDA)和数据非依赖性采集(DIA)在定量分析中的优劣势,为研究者选择合适的工作流程提供指导。 第三章:质谱技术驱动的蛋白质鉴定与定量 质谱仪是现代蛋白质组学的核心工具。本章聚焦于高分辨率、高灵敏度质谱仪在蛋白质组学中的应用: 串联质谱(MS/MS)的工作原理: 深入探讨了碎裂技术(如HCD, ETD, CID)如何提供氨基酸序列信息,并介绍了de novo测序策略。 标签定量技术: 详尽阐述了基于标签的定量方法,包括稳定同位素标记(如SILAC, ICAT)和非同位素标签(如TMT, iTRAQ)。讨论了如何通过精确的峰面积或片段离子强度比值实现蛋白质丰度的可靠比较。 蛋白质翻译后修饰(PTM)的特异性富集与鉴定: 聚焦于磷酸化、泛素化、糖基化等关键PTM的亲和捕获技术(如TiO2、金属螯合树脂)及其在质谱下的识别策略。 第二部分:蛋白质结构、相互作用与功能解析 第四章:蛋白质结构预测与计算建模 尽管实验结构解析(如X射线晶体学和冷冻电镜)至关重要,计算方法正迅速成为结构生物学的有力补充。本章着重探讨: 蛋白质结构预测的算法革新: 涵盖了基于同源建模、折叠识别到深度学习方法(如AlphaFold 2及其衍生模型)在预测三维结构中的应用。评估了这些工具在预测侧链构象和跨膜区域的准确性。 蛋白质结构域识别与功能注释: 介绍使用CATH、Pfam等数据库对蛋白质序列进行结构域划分,以及如何根据结构域特征推断潜在的分子功能。 分子动力学模拟(MD)在理解蛋白质柔性中的应用: 解释了如何通过MD模拟来研究蛋白质构象变化、配体结合动力学以及环境影响下的结构稳定性。 第五章:蛋白质相互作用组(Interactome)的解析 蛋白质很少单独工作,它们通过复杂的网络相互作用来执行生命功能。本章系统梳理了相互作用组学的技术路线: 体外和体内相互作用研究: 详细对比了酵母双杂交(Y2H)、蛋白质芯片技术、蛋白质共免疫沉淀(Co-IP)结合质谱(MS-based identification)的实验设计与数据解释。 高通量相互作用组学: 阐述了基于生物正交化学(BioID, APEX-tagging)的空间和时间分辨蛋白质相互作用捕获技术,以及它们在活细胞内揭示瞬态复合物方面的优势。 网络拓扑分析与关键节点的鉴定: 介绍如何将海量相互作用数据转化为可理解的网络图,并运用图论(如中心性分析)来识别调控网络中的“枢纽蛋白”(Hubs)和“桥接蛋白”(Bridges)。 第六章:蛋白质功能分析的体内与体外策略 理解蛋白质的生物学意义需要多层次的验证。本章侧重于验证蛋白质功能的技术手段: 酶动力学与底物特异性测定: 回顾Michaelis-Menten动力学参数的测定,以及如何利用突变体和底物类似物探究酶促反应的机制。 结构域功能域的精细定位: 介绍基因工程技术(如定点突变、缺失突变)如何精确剥离和验证蛋白质特定结构域的功能活性。 活细胞成像技术在蛋白质定位与动态分析中的应用: 探讨荧光蛋白标记(GFP/RFP融合)、FRET/BRET技术在监测蛋白质亚细胞定位、聚集以及与靶标的近距离相互作用中的应用。 第三部分:临床与应用蛋白质组学 第七章:疾病标志物的发现与验证 蛋白质组学已成为生物医学研究的强大引擎,特别是在疾病诊断和预后方面。 液体活检中的循环蛋白质组学: 重点分析血浆、尿液和脑脊液中生物标志物的筛选策略。讨论了外泌体(Exosomes)中携带的蛋白质信号在早期癌症和神经退行性疾病诊断中的潜力。 组织蛋白质组学与空间蛋白质组学: 阐述如何通过组织切片进行蛋白质组分析,特别是空间蛋白质组学(Spatial Proteomics)如何结合组织学信息,揭示肿瘤微环境中蛋白质表达的空间异质性。 生物标志物的临床验证与标准化: 讨论从发现到临床应用所需的标准化流程,包括大规模队列研究、ROC曲线分析以及生物信息学在减少假阳性中的作用。 第八章:药物靶点识别与作用机制解析 本章关注蛋白质组学在药代动力学和药物研发中的应用: 靶点结合蛋白质组学(Target-based Proteomics): 介绍化学诱饵(Chemical Probes)的设计与应用,用于捕获并鉴定药物分子直接结合的蛋白质靶点,特别是对于“脱靶”效应的分析。 蛋白质组学驱动的药物作用机制(MoA)阐明: 探讨如何通过比较药物处理前后的全蛋白质组或磷酸化蛋白质组谱,来解析药物对信号通路和下游效应器的整体影响。 药物抗性机制的蛋白质组学探究: 分析在长期药物治疗过程中,肿瘤细胞或病原体通过蛋白质表达或修饰的变化如何产生耐药性,并提出应对策略。 第九章:生物信息学工具与数据整合 蛋白质组学产生的数据量巨大且复杂,高效的生物信息学处理是成果转化的关键。 原始数据处理与质量控制: 详细介绍肽段谱图匹配软件(如MaxQuant, Proteome Discoverer)的工作流程,包括数据库搜索策略(如SEQUEST, Mascot)和统计学有效性评估(如FDR控制)。 下游数据分析与生物学意义挖掘: 阐述如何使用GO(Gene Ontology)富集分析、KEGG通路分析等方法,将上千个差异表达的蛋白质映射到具体的生物学功能模块。 多组学数据融合: 探讨将蛋白质组学数据与基因表达、代谢组学数据进行整合分析的方法,以构建更完整的系统模型,揭示基因到功能表达的调控层次。 本书通过整合理论基础、前沿技术和实际应用案例,为读者提供了一套系统的、可操作的蛋白质组学知识体系,是迈向系统生物学和精准医学研究的必备参考书。

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