该书以批判地审查史料为基本手段，用传统文献为主要材料，重建上古思想史。基本思路是根据神权与王权的演化关系，重新训释古书中的“神守”、“社稷守”，将神守、社稷守的关系，解释为梵蒂冈与意大利的关系，认为夏代以前全是神守(梵蒂冈式的纯宗教实体)。到了夏代，从神守分化出社稷守，即最早的国家(意大利)；同时，还没有跨入国家门坎的神守仍比比皆是(梵蒂冈与意大利平行发展)。以此作为历史分期的标准，相应地写成《中国思想的起源》三卷——《前神守—神守时代》《社稷守时代》《诸子时代》。

第一卷“前神守—神守时代”相当于石器时代。本卷回顾了八十年来疑古与反疑古等思潮，指出不作艰苦细致的分析材料的工作，恢复早已被推翻的黄帝一元、三代同源的古史体系，只能造成新的混乱。针对当前盲目夸大中国文明程度、拉长中国文明起源上限的倾向，作者强调弘扬传统文化必须以理性作基础。就中国文明的起点而论，作者从神守、社稷守在夏代的分化，重新肯定了夏代是我国最早的国家。认为思想史的研究对象，既需要拓展，也需要剔除，本卷结合考古纹饰作了说明。

第二卷“社稷守时代”相当于夏、商、西周。本卷指出，神守时代向社稷守时代演变是一个漫长的过程，神守时代的图腾崇拜应当是神化动物和族群祖先的表现，这种图腾到社稷守时代定型为文字，即表现为甲骨金文族名前带“天”字的“‘天’字族群”。本卷试图从图腾崇拜等方面区分黄帝、炎帝、鸟夷等族系，认为西周的民族征服了夷夏对立等文化帝国主义观念。社稷守时代的统治者通过垄断生存手段和知识控制人民，用道德虚构美化国家法权，统治者被说成有“德”而成为圣人，这样国家政权的硬件和软件都已齐备。由神守时代的烧灼兽骨、观察裂文判断吉凶，到社稷守时代早期出现“数字卦”，再到《周易》尚中的卦位安排，由直观而抽象，由宗教而哲学，显现出思想发展的艰难历程，为诸子百家的兴起开辟了道路。

第三卷“诸子时代”本来也属社稷守时代，但为了显现诸子百家的异军突起，特将东周独立出来作为“诸子时代”。社稷守时代由贵族专政，充满浓厚的民主气息和君子之风，诸子百家继承了这种传统，起而救世之弊。吸收申吕等炎帝文明的楚文化孕育了道家，宗周礼乐文明孕育了儒家，鸟夷文明孕育了墨家。由兵刑不分到兵刑分离、重刑轻德，产生了法家。诸子时代是人文主义勃兴的时期，但各家都不同程度受到神守传统的影响，道家、阴阳家、兵家更为明显。由于缺乏公民集体，大众的消费满足又缓冲了激进的革命，决定了诸子百家只是少数知识精英的活动，民间意识(如“山文化”)大量残留，构成冰山下的大海，说明广义思想史的许多研究对象，有待确认。在目有关先秦思想史著作，以本书资料最丰富。本书也是第一部从整体框架上反驳“走出疑古”的专著。