第一輯收經十一種，律三種，論十一種，共二十八冊，分裝甲乙丙丁四函。捲首為《藏要》總敘，概述經典的要義及收錄原則，認為本輯所收，為經律論三藏中「要中之要」。下按原書編號標齣所選佛典的譯本、捲數和在本輯中的冊數：
一、《大般若經·第二分·捨利子般若》，唐·玄奘譯，選捲四百一至四百五(第一冊)。歐陽漸有《大般若經十六分總敘》及《大般若經第二分品目捨利子般若四品敘》；呂澂有校勘說明。《大般若經·第二分·方便般若》，選捲四百五十九至四百七十八(第二至四冊)。歐陽漸有《方便般若二十品目敘》；呂澂有校勘說明。
二、《大般若經·第五分》，選捲五百五十六至五百六十五(第五、六冊)。歐陽漸有《大般若經第五分品目敘》；呂澂有校勘說明。
三、《華嚴經·十地品》，唐·實叉難陀譯，選捲三十四至三十九(第七冊)。呂澂有校勘說明。
四、《楞伽阿跋多羅寶經》，劉宋·求那跋陀羅譯，全四捲(第八冊)。呂澂有校勘說明。
五、《大般涅槃經·迦葉品》，北涼·曇無讖譯，選捲三十三至三十八(第九冊)。呂澂有校勘說明。
六、《解深密經》，唐·玄奘譯，全五捲。第十冊。歐陽漸有《解深密經品目敘》；呂澂有校勘說明。
七、《大菩薩藏經·般若品》，唐·玄奘譯，選捲十六至十九(十一冊)。呂澂有校勘說明。
八、《勝鬘師子吼經》，劉宋·求那跋陀羅譯，全一捲(十一冊)。呂澂有校勘說明。
九、《大寶積經·無量壽會》，唐·菩提流誌譯，選捲十七、十八(十一冊)。呂澂有校勘說明。
十、《妙法蓮華經》，後秦·鳩摩羅什譯，全七捲。十二、十三冊。呂澂有校勘說明。
十一、《雜阿含經·緣起誦》，劉宋·求那跋陀羅譯，選捲十一、十二；附《瑜伽師地論》捲九十三、四〈攝事分中契經事緣起食諦界擇攝第三之一、二〉(十四冊)。呂澂有校勘說明。
以上大乘經十種，小乘經一種。歐陽漸敘選編理由如次：「菩薩乘有正軌，有便道。乘乎正軌又有不易之則曰境行果，依此抉擇而得四經：一曰《大般若經》，二曰《華嚴經》，行菩薩乘有不易之則，一曰因果、二曰差彆：因果者，運用之妙，《般若》盡之；差彆者，境界不同，《華嚴》盡之；故《般若》、《華嚴》者，菩薩正軌之行也。三曰《楞伽經》，古學一百八句，一切自心所現，今學五法、三自性、八識、二無我，知法、知義於此廣博，故《楞伽經》者，菩薩正軌之境也。四曰《大涅槃經》，我皆令入涅槃而滅度之，此佛齣世大事因緣，對機則四鄔柁南，畢竟則常樂我淨，見性而已，又多乎哉？是故《大涅槃經》者，菩薩正軌之果也。《解深密經》，境行果三都約其要。《菩薩藏經》，但約行中因果差彆。《勝鬘》明識，屬隸《楞伽》。《無量壽經》，是方便道；《法華》則經中之楬櫫者也。聲聞舉一，曰《雜阿含》，佛言諸佛世尊具大智力，總攝諸法，安處四種鄔柁南中，輾轉傳來，是名《阿含》，傳此四句是名《阿含》，《瑜伽》五分釋《雜含》多，大小溝通，《阿含》亦大故也。」
十二、《菩薩戒本》及《菩薩戒羯磨文》，彌勒說，玄奘譯(十五冊)。呂澂有校勘說明。
十三、《十誦比丘戒本》，鳩摩羅什譯；附錄「十誦比丘眾學法三本類勘錶」。《十誦羯磨比丘要用》，劉宋·僧璩依律撰齣(十五冊)。呂澂有校勘說明。
十四、《善見律毗婆沙·序品》，蕭齊僧伽跋陀羅譯，選三捲(十五冊)。呂澂有校勘說明。
以上大乘律一種，小乘律二種。歐陽漸敘選編理由如次：「律三者，《地持善戒》，譯非全文，是故戒本羯磨，應抉《瑜伽》為大乘律。北方小戒，論其圓通，《僧祇》為最；究其嚴密，《十誦》為尤，《四分》、《五分》及迦葉維，嚴不及《十誦》，通不及《僧祇》，是故戒本羯磨，唯獨取於《十誦》。南方小戒，此土傳來，但見《善見律》，錄序而已。」
十五、《中論》，青目釋，鳩摩羅什譯，全四捲(十六冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
十六、《辨中邊論》，世親造，玄奘譯，全三捲(十七冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
十七、《大智度論·初品》，龍樹造，鳩摩羅什譯，選捲一至三十四(十八至二十二冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
十八、《瑜伽師地論·菩薩地》，彌勒說，玄奘譯，選捲三十五至五十(二十三、二十四冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
十九、《集論》，無著造，玄奘譯，全七捲(二十五冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
二十、《攝大乘論》，無著造，玄奘譯，全三捲(十七冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
二十一、《二十唯識論》，世親造，玄奘譯，全一捲(二十五冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
二十二、《成唯識論》，玄奘譯，全十捲(二十六、二十七冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
二十三、《因明正理門論》，大域龍造，玄奘譯，全一捲(二十五冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
二十四、《品類足論·辯韆問品》，世友造，玄奘譯，選捲十至十七；附錄三種毗曇法門對照錶(二十八冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
二十五、《異部宗輪論》，世友造，玄奘譯，全一捲(二十八冊)。歐陽漸有《敘》；呂澂有校勘說明。
以上大小乘十一種論典，歐陽漸敘選編理由如次：「摩訶衍義，創始於龍樹，充量於無著。閤之則相圓，分之則義窒，豈空有之或異，實偏依之各詳。《中論》談遍計空，《辯中邊論》談依他有，中之義備也。《大智度論》，釋經論中詳一切法，而詳於對小；《瑜伽師地論》，宗經論中詳一切法，而詳於自大。龍樹毗曇為《智論》，無著毗曇為《集論》，是則乘之事備也。唯識為入道之體，《攝論》創始於其先，《二十唯識》、《成唯識論》昌於其後。因明為揀外之用，而《理門論》者，則又基本之作也。毗曇多種，六《足》為精，《集論》為大乘毗曇之終，《品類足論》為小乘毗曇之始，龍樹、無著皆所宗矣。其餘部執，則《異部宗輪論》亦足知概。」
第二輯收經八種，律六種，論十三種。捲前有歐陽漸所作本輯總敘，將本輯與第一輯所收經典一一對照比較；並新增呂澂所作《藏要第二輯校例》。
一、《佛說佛母寶德藏般若波羅蜜經》，宋·法賢譯，全三捲(一冊)。
二、《能斷金剛般若波羅蜜多經》，玄奘譯，全一捲(一冊)。
歐陽漸總敘曰：「般若道場，聞者記錄或廣或略，或以長行，或以偈頌。一輯於長行略廣，五分中撮其大凡；二輯則舉《寶德藏經》三十二品偈頌。讀者若先頌後長行，此經猶前溫陀南；若先長行後頌，此經則後溫陀南也。《心經》談空三昧，是捨利子般若類；《金剛》談無相三昧，是須菩提般若類也。」
三、《大方廣佛華嚴經·十迴嚮品》，唐·實叉難陀譯，選捲二十三至三十三(二、三冊)。歐陽漸有《華嚴經品目敘》，並作本品敘。其捲首總敘曰：「一輯舉《華嚴》根本為〈十地〉，二輯舉《華嚴》臨入為〈十嚮〉，小大、自他、理事，無不資力迴嚮以為轉移也。」
四、《大般涅槃經·師子吼菩薩品》，北涼·曇無讖譯，選捲二十七至三十二(四冊)。歐陽漸有《大涅槃經·師子吼品敘》及《大般涅槃經師子吼科判》。其捲首總敘曰：「一輯《涅槃》，舉〈迦葉〉法用；二輯《涅槃》，舉〈師吼〉法義，用以示善巧義以示切要也。」
五、《無盡意菩薩經》，劉宋·智嚴共寶雲譯，全四捲(五冊)。歐陽漸有《敘》。其捲首總敘曰：「《般若》以殊特義，說行中因果義；《無盡意經》則以平等義，說行中因果義也。」
六、《維摩詰所說經》，後秦·鳩摩羅什譯，全三捲(五冊)。歐陽漸有《敘》及《維摩詰經科文》。其捲首總敘曰：「又《般若》、《華嚴》諸經，以殊特義說境行果義；而《維摩詰經》，亦以平等義說境行果義也。方便利他，真俗神通，行菩薩行，見十方佛。世俗以之為神奇，大道以之為通途也。」
七、《佛說長阿含經·第一分》，後秦·佛陀耶捨共竺佛念譯，選捲一至捲五(六冊)。歐陽漸於捲首總敘曰：「《雜含》五誦，深於談禪；《長含》四分，詳於破執。一輯、二輯，都舉其初而已。」
八、《法句經》，法救撰，吳·維隻難等譯，全二捲(六冊)。本經與《長阿含經》二部，為小乘經典，歐陽漸於捲首總敘曰：「《法句經》者，要偈多存，古經猶聚。誠根據之有由，而小藏之精要歟！」
九、《四分戒本》(曇無德齣)，後秦·佛陀耶捨譯，全一捲；附錄四分巴利二本眾學法對照錶(七冊)。
十、《彌沙塞五分戒本》，劉宋·佛陀什等譯，全一捲(七冊)。
十一、《解脫戒經》(齣迦葉毗部)，元魏·瞿曇般若流支譯，全一捲(七冊)。
十二、《根本說一切有部戒經》，唐·義淨譯，全一捲，附錄淨譯藏譯二本眾學法對勘錶(七冊)。
十三、《摩訶僧祇律大比丘戒本》，東晉·佛陀跋陀羅譯，全一捲(七冊)。
十四、《根本薩婆多部律攝》，勝友集，唐·義淨譯，全十四捲(八、九冊)。
本輯收律部六種，歐陽漸於捲首總敘曰：「一輯所舉，《十誦》、《善見》而已。二輯則法藏之《四分》、化地之《五分》、飲光之《解脫》、有部之《戒經》、大眾之《僧祇》，無不次第舉其戒本，而使八傢部執，詳略異同，比例研求，堪資取捨，則戒學之大營也。復舉有部《律攝》，以四句頌攝戒多事，復敘戒文隨事分釋。文則視廣律為簡，義則較廣律為繁。研戒之初，莫此為便。又戒學之切要也。」
十五、《十二門論》，龍樹造，後秦·鳩摩羅什譯，全一捲(十冊)。
十六、《百論》，婆藪造，後秦·鳩摩羅什譯，全二捲(十冊)。
十七、《廣百論本》附〈教誡弟子品釋〉，聖天造本，護法造釋，玄奘譯，全二捲(十冊)。
十八、《大乘中觀釋論》，安慧造，宋·惟淨等譯，全十捲(十一冊)。
十九、《究竟一乘寶性論》，元魏·勒那摩提譯，全五捲(十二冊)。
以上與龍樹中觀學有關之五部論典，歐陽漸於捲首總敘曰：「龍樹《中論》，大小染淨，三科十二支，二取二空，賅攝於四百四十六偈，闡揚空義，汪噦大哉。而無以示入德之門，於是抉擇《中論》，約為十二以示之門。初三因緣觀空，次三相觀空，次二生滅變異觀空，後四因果作者時生以觀空是也。提婆推演《中論》，作瑜伽行四百頌，未能全來，所來者《百論》十品，罪福、神我、一、異、情、塵、因、果、常、空而已。又《廣百論》八品，常、我、時、見、根、邊、相、誡，為四百頌之後二百頌而已。然外內之論義，既已詳盡，《中論》之法門，亦復增多。談空之義，至矣極矣！雖然，教誡弟子毋惡取空，當留意也。詮釋《中論》，此土唯三。青目既舉於前，安慧當續於後，故繼於《中觀釋論》也。《寶性論》者，依《陀羅尼自在王經》，以七金剛句攝一切佛法。《自在王經》與《大涅槃經》，均說一切眾生皆有佛性。菩提功德，利眾生業，皆所以見性。三寶一歸，但指不同，初無歧異。然所謂一切空者，見性涅槃是也。上來五論，皆龍樹學也。」
二十、《瑜伽師地論·抉擇分·五識身相應地·意地》，彌勒說，玄奘譯，選捲五十一至五十七(十三冊)。
二十一、《大乘莊嚴經論》，無著造，唐·波羅頗迦羅蜜多羅譯，全十三捲(十四、五冊)。
二十二、《觀所緣論釋》，護法造，唐·義淨譯，全一捲(十六冊)。
二十三、《佛地經論》，親光等造，玄奘譯，七捲(十六冊)。
二十四、《因明入正理論》，商羯羅主造，玄奘譯，一捲(十六冊)。
以上與無著、世親係瑜伽行派有關之五部論典，歐陽漸於捲首總敘曰：「一輯舉菩薩行，二輯舉菩薩境。五識意地抉擇，則唯識瞭義境也。《莊嚴》與〈菩薩地〉諸品，名同而義彆，西域不嫻不能弘法，蓋菩薩行之推廣談，與菩薩地功用無或殊也。《觀所緣》，則唯識相分自內而已。此宗談果，莫詳於《佛地論》。四智心品為用，清淨法界為體，菩提、涅槃二轉依義，體用須明也。一輯《門論》，談因明原理。二輯《入論》，談因明作法而已。上來五論，皆無著學也。」
二十五、《菩提行經》，龍樹集，宋·天息災譯，全四捲(十二冊)。捲首總敘曰：「抉集群經，贊發菩提心，修行六度，迴嚮眾生，非龍樹所作，而談空義大破瑜伽，倘亦龍樹學歟？」
二十六、《成實論》，訶梨跋摩造，鳩摩羅什譯，全二十捲(十七至十九冊)。
二十七、《阿毗達磨俱捨論》附本頌，世親造，玄奘譯，全三十一捲(二十至二十四冊)。
以上二部小乘論典，捲首總敘曰：「小趣大者，《成實》入《般若》之半途，《俱捨》造《瑜伽》之中路。欲探大乘由來，二論誠不可不讀也。」
第三輯尚未編峻，故捲首無總敘及目錄，所收經典的編號目次亦有錯漏。計收經十一種，律二種，論十種：
一、《大般若經第十六分》，玄奘譯，選捲五百九十二至六百捲(一冊)。歐陽漸有《敘》，並附《大般若經第十六分大科》。
二、《華嚴行位七品讀》，選錄《華嚴經》〈淨行品第十一〉、〈十住品第十五〉、〈梵行品第十六〉、〈十行品第二十一〉、〈十無盡藏品第二十二〉、〈十忍品第二十九〉、〈普賢行品第三十六〉等七品(二冊)。前有呂澂簡短說明。
《首楞嚴三昧經》，鳩摩羅什譯，全三捲(二冊)。
三、《大般涅槃經·正法分》，北涼·曇無讖譯，選捲三至捲十(三冊)。歐陽漸有《敘》。
四、《大寶積經·普明會》(失譯)，附錄一：晉譯《摩訶衍寶嚴經》「勝解勝利」段；附錄二：《瑜伽師地論》捲第七十九及八七〈菩薩地抉擇釋〉(四冊)。
五、《虛空藏問經·抉擇分》，唐·不空譯，選四捲，捲首序分不錄(四冊)。
六、《閤部金光明經·正宗分》，據尼泊爾梵本、失譯藏文本等閤本，選四捲(五冊)。歐陽漸有《敘》。
八、《大乘密嚴經》，不空譯，全三捲(六冊)。歐陽漸有《敘》，並附《大乘密嚴經科文》。
九、《中阿含經·雙品》，東晉·瞿曇僧伽提婆譯，選捲四十八、四十九(七冊)。
《佛說義足經》，吳·支謙譯，全二捲(七冊)。
十二、《清淨毗尼方廣經》，鳩摩羅什譯，全一捲(七冊)。
十四、《根本說一切有部百一羯磨》，唐·義淨譯，全十捲(八冊)。
十五、《十住毗婆娑論》，龍樹造，鳩摩羅什譯，全十五捲(九、十冊)。
十七、《菩提資糧論》，龍樹造，自在釋，隋·達摩桫多譯，全六捲；附：《菩提資糧論大科》(十一冊)。
十八、《六門教授習定論》，無著本，世親釋，義淨譯，全一捲(十一冊)。
十六、《顯揚聖教論》，無著造，玄奘譯，全二十捲；附：《顯揚聖教論大科》(十二至十四冊)。
《大乘掌珍論》，清辯造，玄奘譯，全二捲；附：《大乘掌珍論科文》(十五冊)。
《成唯識寶生論》(一名《二十唯識順釋論》)，護法造，義淨譯，全五捲；附：《成唯識寶生論科目》(十五冊)。
二十一、《捨利弗阿毗曇論·非問分道品》，後秦·曇摩耶捨共曇摩崛多譯，選捲十三至十四(十六冊)。
《三法度論》，世賢本，眾軍釋，東晉·瞿曇僧伽提婆譯，全三捲(十六冊)。
《解脫道論》，優波底沙造，僧伽婆羅譯，全九捲(十七冊)。
· · · · · · (收起)