第二版前言第一版前言第1章 序列比對工具BLAST和ClustalX的使用 1.1 序列比對BLAST 1.1.1 Basic BLAST 1.1.2 網上blastx比對 1.1.3 網上PSl.Blast比對 1.1.4 Specialized BLAST 1.1.5 網上Blast2比對 1.2 本地運行BLAST(Windows係統) 1.2.1 BLAST程序下載 1.2.2 BLAST程序安裝 1.2.3 進入DOS命令行提示符狀態 1.2.4 搜索數據庫的格式化 1.2.5 BLAST搜索程序運行 1.2.6 本地化BLAST搜索結果查看 1.3 多序列比對(ClustalX) 1.3.1 ClustalX的使用 1.3.2 數據的輸入 1.3.3 數據的輸齣 主要參考文獻第2章 真核生物基因結構的預測 2.1 基因可讀框的識彆 2.2 CpG島、轉錄終止信號和啓動子區域的預測 2.2.1 CpG島的預測 2.2.2 轉錄終止信號的預測 2.2.3 啓動子區域的預測 2.3 基因密碼子偏好性計算：CodonW的使用 2.4 采用mRNA序列預測基因：Spidey的使用 2.5 ASTD數據庫簡介 主要參考文獻第3章 電子剋隆 3.1 利用UniGene數據庫進行電子延伸 3.1.1 目標序列的檢索 3.1.2 UniGene數據庫檢索 3.2 從數據庫中獲取CDNA全長序列 3.3 本地序列拼接 3.3.1 CAP3序列拼接程序 3.3.2 Velvet序列拼接程序 3.4 基因的電子錶達譜分析 3.5 核酸序列的電子基因定位分析 主要參考文獻第4章 分子進化遺傳分析工具(MEGA4)的使用 4.1 序列數據的獲取和比對 4.1.1 數據庫直接檢索 4.1.2 多序列比對 4.2 進化距離的估計 4.3 分子鍾假說的檢驗 4.4 係統進化樹構建 4.4.1 係統進化樹構建方法選擇 4.4.2 進化樹的樹形選擇 4.4.3 進化樹的拓撲結構調整 4.4.4 進化樹樹枝形態的優化 4.4.5 進化樹的保存 主要參考文獻第5章 蛋白質結構與功能預測 5.1 蛋白質一級結構分析 5.1.1 ProtParam：蛋白質序列理化參數檢索 5.1.2 ProtScale：蛋白質親疏水性分析 5.1.3 COILS：捲麯螺鏇預測 5.2 蛋白質二級結構預測 5.2.1 PredictProtein：蛋白質結構預測 5.2.2 PSIPRED：不同蛋白質結構預測方法 5.3 InterProScan：模式和序列譜研究 5.3.1 InterPro’Scan簡介 5.3.2 PROSITE：蛋白質結構域、傢族和功能位點數據庫 5.3.3 Pfam：蛋白質傢族比對和HMM數據庫 5.3.4 BLOCKS：模塊搜索數據庫 5.3.5 SMART：簡單模塊構架搜索工具 5.3.6 TMHMM.跨膜區結構預測服務器 5.4 蛋白質三級結構預測 5.4.1 Swiss.ModelWorkspace：同源建模的網絡綜閤服務器 5.4.2 Phyre(Successorof3D.PSSM)：綫串法預測蛋白質摺疊 5.4.3 HMMSTR／Rosetta：從頭預測蛋白質結構 5.4.4 Swiss.PdbViewer：分子建模和可視化工具 主要參考文獻第6章 序列模體的識彆和解析 6.1 MEME程序包 6.2 通過MEME識彆DNA或蛋白質序列組中模體 6.3 通過MAST搜索序列中的已知模體 6.4 通過GLAM2識彆有空位的模體 6.5 通過GLAM2scAN搜索序列中的已知模體 6.6 應用TOMTOM與數據庫中的已知模體進行搜索比對 6.7 應用GOM0鑒定模體的功能 主要參考文獻第7章 蛋白質譜數據分析 7.1 生物質譜技術介紹 7.1.1 質譜技術的基本原理 7.1.2 x!Tandem軟件 7.1.3 Mascot軟件 7.1.4 Sequest軟件 7.2 蛋白質組學數據統計分析軟件 7.2.1 TPP簡介 7.2.2 TPP的安裝與配置 7.2.3 樣本數據準備 7.2.4 將RAW文件轉換成mzXML文件 7.2.5 由out數據文件夾生成pepXML文件 7.2.6 運行PeptideProphet 7.2.7 PeptideProphet處理後的結果分析 7.2.8 運行ProteinProphet 7.2.9 數據的過濾篩選和將結果保存成Excel文件 主要參考文獻第8章 基因芯片數據處理和分析 8.1 芯片數據的獲取和處理 8.1.1 ExpressCOnVener 8.1.2 MIDAS 8.2 芯片數據聚類分析和差異錶達基因篩選 8.2.1 MeV 8.2.2 Cluster 8.2.3 TreeView 8.3 芯片數據的可視化 8.3.1 GenMAPP的概念 8.3.2 GenMAPP的安裝 8.3.3 GenMAPP的使用 8.4 芯片數據的檢索和提交 8.4.1 GEO檢索 8.4.2 Platform信息 8.4.3 Series信息_ 8.4.4 Samples信息 8.4.5 芯片數據的提交 主要參考文獻第9章 應用GO注釋基因功能和通過KEGG分析代謝途徑 9.1 GeneOntology數據庫 9.1.1 簡介 9.1.2 用關鍵詞檢索GO數據庫 9.1.3 用序列檢索GO數據庫 9.2 KEGG數據庫 9.2.1 簡介 9.2.2 根據代謝途徑名稱檢索 9.2.3 根據基因名稱檢索 9.2.4 根據序列檢索 9.2.5 利用KAAS工具作批量注釋 9.2.6 基因芯片數據的代謝途徑分析 主要參考文獻第10章 係統生物學網絡結構分析 10.1 Cytoscape軟件簡介 10.1.1 概況 10.1.2 主要功能 10.2 軟件安裝 10.3 Cytoscape基本操作 10.3.1 信息輸入 10.3.2 插件安裝 10.4 應用Cytoscape進行基因注釋 10.4.1 BINGO插件的安裝 10.4.2 使用實例 10.5 應用Cytoscape進行亞細胞定位 10.5.1 Cerebral插件的安裝 10.5.2 使用實例 10.6 應用Cytoscape搜索基因相互作用文獻 10.6.1 Agilent Literature Search插件安裝 10.6.2 使用實例 10.7 應用Cytoscape做網絡分析 10.7.1 將BOND網絡數據庫的信息輸入Cytoscape 10.7.2 網絡分析 10.8 應用插件Cyt叩rophet預測潛在蛋白和結構域的相互作用 10.8.1 Cytoprophet插件的安裝 10.8.2 使用實例 主要參考文獻第11章 使用Bioperl模塊作數據分析 11.1 概述 11.2 Bioperl安裝 11.2.1 Bioperl的組成 11.2.2 Unix／Linux係統下Bioperl的安裝步驟 11.2.3 Windows係統下Bioperl的安裝 11.3 Bioperl重要模塊簡介和腳本實例 11.3.1 實現文件格式轉換腳本(實例1) 11.3.2 實現DNA序列的翻譯腳本(實例2) 11.3.3 計算序列長度腳本(實例3) 11.3.4 GenBank文件解析腳本(實例4) 11.3.5 圖形化顯示序列特徵腳本(實例5) 11.3.6 從公共數據庫獲取序列腳本(實例6) 11.3.7 應用AlignIO模塊實現文件格式轉換腳本(實例7) 11.3.8 計算比對序列JukesCantor距離腳本(實例8) 11.3.9 計算同義替換率(D—s)和非同義替換率(D—n)腳本(實例9) 11.3.10 Bioperl調用Clustalw腳本實例(實例10) 主要參考文獻第12章 Windows環境下Bioperl程序包的安裝 12.1 Vista下Perl語言環境的安裝 12.1.1下載Peil文件 12.1.2 Ped安裝文件 12.2 Bioperl的安裝 12.2.1 啓動Peil Package Manager 12.2.2 豐富Bioped資源庫 12.2.3 安裝Bioperl核心包和工具盒 12.3 局域網通過代理服務器用戶的安裝 12.4 在Windows XP係統下安裝 12.4.1 下載Perl文件 12.4.2 安裝Bioped 12.4.3 局域網通過代理服務器用戶的安裝 12.5 從CPAN安裝Perl文件 12.5.1 調試Bioped程序 12.5.2 個彆下載Biopel-l模塊文件 12.5.3 個彆安裝Perl模塊Bio：Graphics 12.5.4 調試Bio：Graphics模塊 12.6 安裝多序列比對程序Clustalw模塊 12.6.1 下載並安裝Clusmlw程序 12.6.2 設置係統環境變量 12.6.3 測試Bioperl與Clusmlw之間的接口 主要參考文獻英漢對照詞匯彩圖
· · · · · · (收起)