《城市经济区划:理论、方法与应用》主体分为九部分。第一章“绪论”部分介绍了城市经济区划发展的实践背景。第二章“中国城市经济区划的发展及问题”，在回顾我国经济区划历史沿革及发展趋势的基础上，提出城市经济区划在我国经济区划体系中的迫切需要和存在问题。第三章“城市经济区划的国际经验”，回顾了国外城市经济区划的研究和实践发展历程，对以互动的功能一体化为特征的22个国家的市场经济条件下的经济区划进行比较分析并重点介绍了美国的以都市区为核心的一体化城市经济区划经验。第四章“城市经济区划的概念框架”，分析了城市经济区划的内涵和外延，指出城市经济区划的空间基础是以城市为核心的功能性区域，因此城市经济区划研究最终要落实到相互作用关系的研究上。回顾和总结相互作用的空间结构、功能联系和经济基础都揭示出城市经济区以城市为核心的功能一体化的规律和特征。影响城市经济区未来发展的因素本质上说是影响相互作用的因素，这些影响因素通过集聚和扩散的机制推动着城市经济区的集聚和功能一体化特征的加强。第五章“城市经济区划的原则”，以城市经济区的概念模式、特征以及国际经验为基础，提出城市经济区划的四大关键原则，即功能一体化原则、中心性原则、边界原则和自下而上原则。对应每个原则阐述其产生、发展的过程和在中国的发展情况，提出现阶段中国城市经济区划的对应原则。第六章“城市经济区划的方法”，以理论和原则为指导，提出基于空间单元的、自下而上的、综合衡量地区问相互作用的中国城市经济区划方法，对比、分析给出中心核、经济联系形式的具体指标和标准，尝试给出城市经济区划的自下而上的路线。第七章“城市经济区划的管理”，指出由于行政区划约束、地区自发合作组织失灵等问题存在，城市经济区划在区域一体化推进过程中具有重要意义，针对中国城市经济区划组织和实施中存在的问题提出城市经济区划要实现和促进一体化需要进行的区划管理创新。第八章“案例研究：浙江省城市经济区划组织”，以浙江省为案例分析了浙江省城市、城乡一体化和区域一体化的发展，回顾了浙江省在国家指导下的城市经济区划思想和方法的转变。以本书确定的方法利用县及以上单元间短期人员流动数据将浙江省划分为9个城市经济区。继而应用浙江省商品交易市场、工业园区和产业区域集聚、转移的相关数据和事实验证前文对于城市经济区一体化特征、动力转变等的论断。由于浙江省代表了我国区域一体化尤其是城乡一体化发展最高水平，因此该章进一步讨论了方法在处于不同发展阶段的地区应用的可能性和需要修正的可能。第九章“结论与展望”总结了《城市经济区划:理论、方法与应用》的主要结论，给出进一步研究的可能拓展空间建议。